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Yorodumi- PDB-6wsb: Crystal structure of a betaine aldehyde dehydrogenase from Burkho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wsb | ||||||
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Title | Crystal structure of a betaine aldehyde dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei bound to cofactor NAD | ||||||
Components | NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / melioidosis / glycine metabolism / serine metabolism / threonine metabolism / covalently bound cofactor / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2022 Title: Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei. Authors: Beard, D.K. / Subramanian, S. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Asojo, O.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wsb.cif.gz | 410.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wsb.ent.gz | 331 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wsb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/6wsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/6wsb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6wsaC 2woxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53132.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (bacteria) Strain: 1710b / Gene: betB, BURPS1710b_A0376 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q3JLL8, betaine-aldehyde dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: BupsA.00020.b.AE1.PS38619 at 34.72 mg/mL with 4 mM NAD against Morpheus condition H11: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.02 M sodium L-glutamate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL ...Details: BupsA.00020.b.AE1.PS38619 at 34.72 mg/mL with 4 mM NAD against Morpheus condition H11: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.02 M sodium L-glutamate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL lysine, 0.02 M DL serine, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5, unique puck ID qvy9-3, 314030h11 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Feb 13, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→43.09 Å / Num. obs: 172302 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.123 % / Biso Wilson estimate: 20.398 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 16.47 / Num. measured all: 1054995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2wox Resolution: 1.55→43.09 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 15.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.66 Å2 / Biso mean: 17.3817 Å2 / Biso min: 6.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→43.09 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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