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- PDB-5izd: Wild-type glyceraldehyde dehydrogenase from Thermoplasma acidophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5izd
タイトルWild-type glyceraldehyde dehydrogenase from Thermoplasma acidophilum in complex with NADP
要素D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP-dependent dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / Entner-Doudoroff pathway through 6-phosphogluconate / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / glycolytic process / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...: / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Iermak, I. / Mesters, J.R. / Kuta Smatanova, I.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of SciencesDAAD-16-09 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of wild-type glyceraldehyde dehydrogenase from Thermoplasma acidophilum in complex with NADP
著者: Iermak, I. / Mesters, J.R. / Steffler, F. / Sieber, V. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Data collection
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
B: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
C: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
D: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
E: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
F: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
G: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
H: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,85214
ポリマ－452,3928
非ポリマー4,4606
水24,3741353
1
A: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
B: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
C: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
D: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,1708
ポリマ－226,1964
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27020 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area57910 Å2
手法PISA
2
E: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
F: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
G: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
H: D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,6836
ポリマ－226,1964
非ポリマー1,4872
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25620 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area58300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.289, 152.353, 149.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP(+)) / Glyceraldehyde DH


分子量: 56548.973 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta0809 / プラスミド: pCBRHisC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HK01, D-glyceraldehyde dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM glutamic acid (racemic), 20 mM glycine, 20 mM serine (racemic), 20 mM alanine (racemic), 20 mM lysine-HCl (racemic), 50 mM MOPS, 50 mM Sodium HEPES, pH 7.5; 20% Ethylene Glycol, 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.1 Å / Num. obs: 310836 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.84 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
BALBES1.0.0.Nov_16_2011位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K2W

3k2w


解像度: 2.05→48.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 9.283 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 13347 5 %RANDOM
Rwork0.16838 ---
obs0.17021 253577 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.134 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.47 Å2-0 Å2-1.04 Å2
2---2.5 Å2-0 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30004 0 186 1353 31543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01930948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0228847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.94942004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.032.99766267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31453932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76324.3531321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.529155017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.73515154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.24587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02135310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4390.90615710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4390.90615709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7531.35619624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7531.35619625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.730.99415238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7220.99115230
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1631.46622360
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0928.22535742
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.0617.77235185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 982 -
Rwork0.236 18671 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72710.00220.40830.3314-0.05130.69150.01660.01470.0387-0.02160.00220.0418-0.09440.0977-0.01880.0544-0.01780.01180.3641-0.02860.3139-13.6067.1726.941
20.5666-0.01510.09060.4713-0.11210.5690.0895-0.0426-0.2077-0.06210.02760.20250.1801-0.0356-0.11710.1074-0.0205-0.10660.37220.03510.5215-34.875-25.6458.494
30.5480.2069-0.08470.4922-0.06860.52450.0205-0.1217-0.0540.1323-0.0849-0.0996-0.02950.08470.06450.0491-0.01350.0020.33760.03380.281538.691-7.749101.382
40.57010.2402-0.23140.6836-0.20280.6303-0.09780.1496-0.062-0.06670.05960.00740.0108-0.13220.03820.0249-0.01770.04260.3518-0.02450.259417.781-9.53268.031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 494
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 492
3X-RAY DIFFRACTION1A601
4X-RAY DIFFRACTION1B601
5X-RAY DIFFRACTION2C1 - 492
6X-RAY DIFFRACTION2D1 - 492
7X-RAY DIFFRACTION2C601
8X-RAY DIFFRACTION2D601
9X-RAY DIFFRACTION3E1 - 492
10X-RAY DIFFRACTION3F1 - 492
11X-RAY DIFFRACTION4G1 - 492
12X-RAY DIFFRACTION4H1 - 492
13X-RAY DIFFRACTION4H601
14X-RAY DIFFRACTION4G601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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