PDB-4nmj: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. complexe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nmj

タイトル

Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. complexed with NADP+ at 2 A resolution

要素

Aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldehyde oxidation / NADP reduction / intracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum sp. 1860 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Petrova, T. / Boyko, K.M. / Bezsudnova, E.Y. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp. complexed with NADP+ at 2 A resolution
著者: Petrova, T. / Boyko, K.M. / Bezsudnova, E.Y. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.

履歴

登録	2013年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nmj.cif.gz	801.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nmj.ent.gz	665.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nmj_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nmj_full_validation.pdf.gz	517.2 KB	表示
XML形式データ	4nmj_validation.xml.gz	157.2 KB	表示
CIF形式データ	4nmj_validation.cif.gz	229.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h73S 2hg2 2opx 3jz4 3r64 4dng 4nmk S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h73-3 4nmk-2 4nea-2 4h7n-1 4nmk-3 4nu9-2 4nmk-4 5a2d-2 4q92-3 4h73-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

442 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.479, 184.394, 207.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase 分子量: 54459.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum sp. 1860 (古細菌) / 遺伝子: P186_1147 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Dlt1270/prare2 参照: UniProt: G7VCG0, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: gel-tube counter-diffusion / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 100 mM imidazole, pH 6.5, 1.6 M sodium acetate trihydrate, GEL-TUBE COUNTER-DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日

放射

モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.002→38.09 Å / Num. obs: 418361 / % possible obs: 99.35 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2 / B_iso Wilson estimate: 22.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 21.7

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.002-2.057	1	98.09
2.057-2.288	1	99.62
2.288-2.545	1	99.53
2.545-2.83	1	99.54
2.83-3.148	1	99.45
3.148-3.501	1	99.26
3.501-3.894	1	99.26
3.894-4.331	1	99.13
4.331-4.817	1	99.28
4.817-5.357	1	99.57
5.357-5.959	1	99.9
5.959-6.627	1	100
6.627-7.371	1	99.85
7.371-8.198	1	99.83
8.198-9.116	1	99.32
9.118-10.139	1	97.8
10.141-11.278	1	94.56
11.279-12.543	1	92.85
12.544-13.952	1	95.1
13.954-15.507	1	93.19
15.521-17.255	1	98.13
17.274-19.192	1	95.6
19.274-21.348	1	93.75
21.349-23.744	1	90.09
23.782-28.09	1	84.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H73

4h73

解像度: 2.002→28.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2329	21008	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2006	-	-	-
all	0.21	418781	-	-
obs	0.2022	418361	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→28.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30159	0	384	3054	33597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	31340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	42588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.324	11549
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	4795
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.002-2.0246	0.3152	666	0.2939	12763	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0246-2.0485	0.3179	684	0.2865	13159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0485-2.0734	0.3145	701	0.2776	13195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0734-2.0997	0.3114	688	0.2624	13188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0997-2.1273	0.3095	669	0.2634	13213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1273-2.1564	0.2893	710	0.2566	13177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1564-2.1872	0.2839	692	0.2572	13255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1872-2.2199	0.2802	693	0.2392	13162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2199-2.2545	0.2753	698	0.2385	13214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2545-2.2915	0.2812	698	0.2421	13197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2915-2.331	0.2719	721	0.2355	13172	X-RAY DIFFRACTION	99
2.331-2.3733	0.2645	688	0.2252	13221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3733-2.419	0.271	703	0.2225	13190	X-RAY DIFFRACTION	99
2.419-2.4683	0.2707	698	0.225	13191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4683-2.5219	0.2657	704	0.2237	13243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5219-2.5806	0.2697	712	0.2202	13186	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5806-2.6451	0.2486	695	0.2106	13232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6451-2.7165	0.2518	696	0.209	13231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7165-2.7964	0.256	693	0.2071	13255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.8866	0.2426	733	0.2043	13213	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8866-2.9896	0.2469	724	0.202	13262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9896-3.1092	0.2346	694	0.2044	13237	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1092-3.2505	0.2458	664	0.2045	13308	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2505-3.4216	0.2221	676	0.1917	13311	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4216-3.6355	0.2057	705	0.1819	13285	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6355-3.9155	0.1924	719	0.1678	13338	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9155-4.3083	0.1928	710	0.1554	13283	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3083-4.9288	0.1512	689	0.1426	13440	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9288-6.1988	0.1941	763	0.1721	13513	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1988-28.0932	0.1911	722	0.1712	13719	X-RAY DIFFRACTION	98

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