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Yorodumi- PDB-5iuv: Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iuv | ||||||
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Title | Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in complexed with NAD+ | ||||||
Components | Aldehyde dehydrogenase family protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase / aldehyde dehydrogenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information fermentation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / organic substance metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas syringae pv. tomato (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.928 Å | ||||||
Authors | Lee, S.G. / McClerklin, S. / Kunkel, B. / Jez, J.M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: PLoS Pathog. / Year: 2018 Title: Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase-dependent auxin synthesis contributes to virulence of Pseudomonas syringae strain DC3000. Authors: McClerklin, S.A. / Lee, S.G. / Harper, C.P. / Nwumeh, R. / Jez, J.M. / Kunkel, B.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5iuv.cif.gz | 398 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5iuv.ent.gz | 324.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5iuv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iuv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5iuuC 5iuwC 4mpbS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52779.824 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae pv. tomato (strain DC3000) (bacteria) Strain: DC3000 / Gene: PSPTO_0092 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q88BC5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 8% PEG8000, 100 mM Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 10, 2015 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.928→37.78 Å / Num. obs: 85788 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→1.96 Å / Redundancy: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MPB Resolution: 1.928→37.778 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 16.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.928→37.778 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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