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- PDB-7k3q: An ultra-potent human neutralizing antibody locks the SARS-CoV-2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3q
タイトルAn ultra-potent human neutralizing antibody locks the SARS-CoV-2 spike in the closed conformation
要素
  • Fab fragment of S2E12 monoclonal antibody, heavy chain
  • Fab fragment of S2E12 monoclonal antibody, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / neutralizing mAb / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Snell, G. / Czudnochowski, N. / Ng, C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Ultrapotent human antibodies protect against SARS-CoV-2 challenge via multiple mechanisms.
著者: M Alejandra Tortorici / Martina Beltramello / Florian A Lempp / Dora Pinto / Ha V Dang / Laura E Rosen / Matthew McCallum / John Bowen / Andrea Minola / Stefano Jaconi / Fabrizia Zatta / Anna ...著者: M Alejandra Tortorici / Martina Beltramello / Florian A Lempp / Dora Pinto / Ha V Dang / Laura E Rosen / Matthew McCallum / John Bowen / Andrea Minola / Stefano Jaconi / Fabrizia Zatta / Anna De Marco / Barbara Guarino / Siro Bianchi / Elvin J Lauron / Heather Tucker / Jiayi Zhou / Alessia Peter / Colin Havenar-Daughton / Jason A Wojcechowskyj / James Brett Case / Rita E Chen / Hannah Kaiser / Martin Montiel-Ruiz / Marcel Meury / Nadine Czudnochowski / Roberto Spreafico / Josh Dillen / Cindy Ng / Nicole Sprugasci / Katja Culap / Fabio Benigni / Rana Abdelnabi / Shi-Yan Caroline Foo / Michael A Schmid / Elisabetta Cameroni / Agostino Riva / Arianna Gabrieli / Massimo Galli / Matteo S Pizzuto / Johan Neyts / Michael S Diamond / Herbert W Virgin / Gyorgy Snell / Davide Corti / Katja Fink / David Veesler /
要旨: Efficient therapeutic options are needed to control the spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that has caused more than 922,000 fatalities as of 13 September 2020. We ...Efficient therapeutic options are needed to control the spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that has caused more than 922,000 fatalities as of 13 September 2020. We report the isolation and characterization of two ultrapotent SARS-CoV-2 human neutralizing antibodies (S2E12 and S2M11) that protect hamsters against SARS-CoV-2 challenge. Cryo-electron microscopy structures show that S2E12 and S2M11 competitively block angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) attachment and that S2M11 also locks the spike in a closed conformation by recognition of a quaternary epitope spanning two adjacent receptor-binding domains. Antibody cocktails that include S2M11, S2E12, or the previously identified S309 antibody broadly neutralize a panel of circulating SARS-CoV-2 isolates and activate effector functions. Our results pave the way to implement antibody cocktails for prophylaxis or therapy, circumventing or limiting the emergence of viral escape mutants.
履歴
登録2020年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab fragment of S2E12 monoclonal antibody, heavy chain
L: Fab fragment of S2E12 monoclonal antibody, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7515
ポリマ－47,5352
非ポリマー2163
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.014, 85.722, 86.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab fragment of S2E12 monoclonal antibody, heavy chain


分子量: 23988.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab fragment of S2E12 monoclonal antibody, light chain


分子量: 23546.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30% (w/v) PEG 4000 Condition A1 of Molecular Dimensions SG1 HT-96 Eco Screen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→48.15 Å / Num. obs: 89367 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.38→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 2.115 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3868 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.881 / Rrim(I) all: 2.295 / % possible all: 87.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.38→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.673 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4458 5.2 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2002 84581 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.53 Å2 / Biso mean: 27.198 Å2 / Biso min: 20.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2--1.63 Å2-0 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.38→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 14 326 3679
Biso mean--44.62 35.78 -
残基数----442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.6464781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2371.5687342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3755466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.25722.349149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35115563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2951517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02721
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.414 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.531 347 -
Rwork0.531 6004 -
obs--97.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90230.6827-0.6620.7727-0.24181.69370.047-0.08210.0196-0.0173-0.0104-0.00650.03510.0556-0.03660.0179-0.0063-0.00490.0587-0.01120.0056-17.834-58.3832.214
21.1750.35890.42261.22531.4713.19670.00160.1038-0.0915-0.03890.0973-0.1541-0.0670.1525-0.09890.01640.00250.00810.0794-0.01470.04742.558-34.33515.921
31.9459-0.4958-0.61321.93541.13062.04940.09990.12320.0601-0.1116-0.1570.0677-0.1677-0.2050.05720.02270.00810.00180.0847-0.02190.0218-33.245-45.36210.562
43.58260.8549-1.32811.5231-0.25521.56350.01430.27250.1738-0.1820.0413-0.094-0.09420.0447-0.05560.0610.00850.00980.0967-0.00180.0299-6.286-21.91311.376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2H126 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4L108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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