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万見
- PDB-7k0u: Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k0u
タイトルCrystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to PLK1 kinase inhibitor BI2536
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードGENE REGULATION / TAF1 / non-BET / BET / kinase inhibitor / PLK1 / dual BRD-kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / midbrain development / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape ...negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / midbrain development / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription factor TFIID complex / MLL1 complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / peptidyl-threonine phosphorylation / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein binding / kinase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell cycle / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R78 / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Dual TAF1-ATR Inhibitors and Ligand-Induced Structural Changes of the TAF1 Tandem Bromodomain.
著者: Karim, R.M. / Yang, L. / Chen, L. / Bikowitz, M.J. / Lu, J. / Grassie, D. / Shultz, Z.P. / Lopchuk, J.M. / Chen, J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2020年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8526
ポリマ－31,7662
非ポリマー2,0874
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area15620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.963, 82.963, 137.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...
21(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPTHRTHR(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...AA1501 - 15903 - 92
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...AA159193
13ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...AA1501 - 16283 - 130
14ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...AA1501 - 16283 - 130
15ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...AA1501 - 16283 - 130
16ASPASPGLUGLU(chain A and (resid 1501 through 1590 or (resid 1591...AA1501 - 16283 - 130
21ASPASPASPASP(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...BB1501 - 16083 - 110
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...BB1609111
23ASPASPTHRTHR(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...BB1501 - 16203 - 122
24ASPASPTHRTHR(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...BB1501 - 16203 - 122
25ASPASPTHRTHR(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...BB1501 - 16203 - 122
26ASPASPTHRTHR(chain B and (resid 1501 through 1608 or (resid 1609...BB1501 - 16203 - 122

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250


分子量: 15882.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-R78 / 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536


分子量: 521.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 10% PEG 8,000, 8% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→137.16 Å / Num. obs: 16873 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 20.1 / Num. measured all: 240026 / Scaling rejects: 314
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.52-2.6214.60.4872727318670.9850.1320.5044.2100
9.09-137.169.90.033416942210.0110.0353694.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UV4

3uv4


解像度: 2.52→53.94 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 30.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 837 5 %
Rwork0.2096 15898 -
obs0.2114 16735 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.16 Å2 / Biso mean: 86.3377 Å2 / Biso min: 40.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→53.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 152 1 2142
Biso mean--79.67 95.01 -
残基数----248
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A730X-RAY DIFFRACTION2.734TORSIONAL
12B730X-RAY DIFFRACTION2.734TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.52-2.680.37121350.30282586272199
2.68-2.880.33331360.27492571270799
2.88-3.170.33931380.277926222760100
3.18-3.630.27251390.234926422781100
3.63-4.580.20291410.175126762817100
4.58-53.940.21391480.18792801294999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.10481.23672.10659.17665.70247.0768-0.26210.34170.2731-1.74130.4786-0.2972-0.92830.2151-0.10030.5427-0.0610.00390.40180.08590.6529-6.58529.158-31.108
28.5405-3.09244.23882.6498-0.48624.7244-0.4507-0.26710.79410.5808-0.0212-0.0778-0.2653-0.23640.49280.68210.0901-0.05140.5798-0.09160.6136-0.27234.274-10.745
39.48791.86451.11578.24472.72492.0190.8919-0.1916-0.62620.3713-0.02980.30840.2874-1.0998-1.0280.4758-0.00640.01180.63750.00950.68611.32423.368-7.103
42.4982-0.8512.20973.57710.2944.29260.1075-0.3565-0.07340.535-0.1606-0.08530.8446-0.33660.05330.4794-0.1055-0.05930.5425-0.02460.5842-5.55324.979-16.435
55.5042.20624.08651.48651.22833.2855-0.1996-1.00080.62670.1772-0.17070.3646-0.9731-1.51940.54920.48420.1776-0.00910.6692-0.11550.6758-14.68931.903-15.905
64.07051.11831.90184.39010.22853.42720.02460.48-0.6174-0.3770.0429-0.26840.77440.4754-0.11290.7765-0.00460.00010.67740.0430.647-10.57916.154-36.611
76.3766-1.5082-0.17439.4321-1.08622.0163-0.3855-0.4156-0.0706-0.03780.4004-0.6749-0.15651.0402-0.01880.93260.12240.03941.3457-0.08050.968110.15631.584-34.846
82.6040.09512.92762.79860.14043.29960.12270.3051-0.1964-0.70830.1340.07180.12770.8615-0.19331.06350.12640.11541.1660.00020.87983.929.491-51.619
91.17410.11122.66270.7367-0.60846.81160.19830.4527-0.0873-0.2244-0.0393-0.44020.26181.5211-0.09311.08260.17350.18841.7548-0.03911.176916.27730.394-47.094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1501:1517 )A1501 - 1517
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 1518:1539 )A1518 - 1539
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1540:1549 )A1540 - 1549
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 1550:1587 )A1550 - 1587
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1588:1607 )A1588 - 1607
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1608:1628 )A1608 - 1628
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1501:1517 )B1501 - 1517
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1518:1564 )B1518 - 1564
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1565:1620 )B1565 - 1620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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