+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jmu | ||||||
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Title | Crystal structure of GIT1/Paxillin complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / GIT1 / Paxillin / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information BH4 domain binding / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / negative regulation of ARF protein signal transduction / structural constituent of postsynaptic specialization / Ephrin signaling / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / GAB1 signalosome / response to peptide / motor learning ...BH4 domain binding / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / negative regulation of ARF protein signal transduction / structural constituent of postsynaptic specialization / Ephrin signaling / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / GAB1 signalosome / response to peptide / motor learning / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of inflammatory response to wounding / intramembranous ossification / immunological synapse formation / vinculin binding / positive regulation of microtubule nucleation / dendritic spine development / MAP-kinase scaffold activity / neuropilin binding / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / gamma-tubulin binding / focal adhesion assembly / VEGFA-VEGFR2 Pathway / negative regulation of glycolytic process / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / lamellipodium assembly / negative regulation of interleukin-1 beta production / growth hormone receptor signaling pathway / regulation of synaptic vesicle exocytosis / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of receptor catabolic process / mitotic spindle pole / cell leading edge / calyx of Held / neuron development / GABA-ergic synapse / endothelial cell migration / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase activity / stress fiber / cytoskeleton organization / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to epidermal growth factor stimulus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / GTPase activator activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell redox homeostasis / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / locomotory behavior / regulation of cytokinesis / integrin-mediated signaling pathway / transcription coregulator activity / brain development / small GTPase binding / beta-catenin binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / cell-cell junction / cell migration / signaling receptor complex adaptor activity / integrin binding / lamellipodium / cell cortex / regulation of cell shape / postsynapse / protein phosphatase binding / cellular response to lipopolysaccharide / endosome / neuron projection / focal adhesion / centrosome / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Zhu, J. / Lin, L. / Xia, Y. / Zhang, R. / Zhang, M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2020 Title: GIT/PIX Condensates Are Modular and Ideal for Distinct Compartmentalized Cell Signaling. Authors: Zhu, J. / Zhou, Q. / Xia, Y. / Lin, L. / Li, J. / Peng, M. / Zhang, R. / Zhang, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jmu.cif.gz | 135.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6jmu.ent.gz | 105 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jmu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6jmtC 2jx0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15206.399 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Git1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q68FF6 #2: Protein/peptide | Mass: 3194.424 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Pxn / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8VI36 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: (NH4)2SO4, PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 23, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 18573 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.898 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 126793 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2JX0 Resolution: 2→45.477 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / Phase error: 29.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.48 Å2 / Biso mean: 32.33 Å2 / Biso min: 12.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→45.477 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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