+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jmt | ||||||
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Title | Crystal structure of GIT/PIX complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / GIT2 / PIX / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information presynaptic actin cytoskeleton organization / RHOV GTPase cycle / negative regulation of microtubule nucleation / Ephrin signaling / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RAC1 GTPase cycle ...presynaptic actin cytoskeleton organization / RHOV GTPase cycle / negative regulation of microtubule nucleation / Ephrin signaling / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / storage vacuole / astrocyte cell migration / positive regulation of growth hormone secretion / postsynaptic actin cytoskeleton organization / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / regulation of synaptic vesicle exocytosis / small GTPase-mediated signal transduction / behavioral response to pain / mitotic spindle pole / Golgi organization / calyx of Held / Rho protein signal transduction / GABA-ergic synapse / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / lamellipodium / cell cortex / kinase activity / growth cone / postsynapse / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / centrosome / neuronal cell body / protein-containing complex binding / protein kinase binding / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Zhu, J. / Lin, L. / Xia, Y. / Zhang, R. / Zhang, M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2020 Title: GIT/PIX Condensates Are Modular and Ideal for Distinct Compartmentalized Cell Signaling. Authors: Zhu, J. / Zhou, Q. / Xia, Y. / Lin, L. / Li, J. / Peng, M. / Zhang, R. / Zhang, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jmt.cif.gz | 802.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6jmt.ent.gz | 667.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jmt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6jmuC 3jueS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40655.852 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: S255A/S256A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Git2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q80XR8, UniProt: Q9JLQ2*PLUS #2: Protein/peptide | Mass: 2298.608 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9ES28*PLUS #3: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: NaF, Bis-Tris propane/citric acid pH 6.7, PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97775 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 17, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97775 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 59001 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 4.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JUE Resolution: 2.8→44.053 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.92 Å2 / Biso mean: 45.21 Å2 / Biso min: 13.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→44.053 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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