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万見
- PDB-6u7t: MutY adenine glycosylase bound to DNA containing a transition sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7t
タイトルMutY adenine glycosylase bound to DNA containing a transition state analog (1N) paired with d(8-oxo-G)
要素
  • Adenine DNA glycosylase
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*AP*(NR1)P*GP*TP*CP*T)-3')
キーワードhydrolase/DNA / Protein-DNA complex / DNA repair / transition state analog / hydrolase-DNA complex / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/guanine mispair binding / adenine glycosylase / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) ...A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者O'Shea Murray, V.L. / Cao, S. / Horvath, M.P. / David, S.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1608934 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1610721 米国
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Finding OG Lesions and Avoiding Undamaged G by the DNA Glycosylase MutY.
著者: Russelburg, L.P. / O'Shea Murray, V.L. / Demir, M. / Knutsen, K.R. / Sehgal, S.L. / Cao, S. / David, S.S. / Horvath, M.P.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structure and stereochemistry of the base excision repair glycosylase MutY reveal a mechanism similar to retaining glycosidases.
著者: Woods, R.D. / O'Shea, V.L. / Chu, A. / Cao, S. / Richards, J.L. / Horvath, M.P. / David, S.S.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年10月2日ID: 5DPK
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年12月25日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z
改定 2.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*AP*(NR1)P*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8576
ポリマ－48,4253
非ポリマー4323
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.800, 86.490, 140.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenine DNA glycosylase / oxoG:A-specific adenine glycosylase


分子量: 41810.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: mutY / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P83847, adenine glycosylase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3423.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*AP*(NR1)P*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3191.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 78分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
解説: Dark golden-brown rod 75 micrometer x 350 micrometer
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MICRO-SEEDED, 0.5 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, 14% W/V PEG4000, 0.005 M BETA-MERCAPTOETHANOL, 5% W/V ETHYLENE GLYCOL
Temp details: Ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月3日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.334 Å / Num. obs: 30197 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.523 % / Biso Wilson estimate: 41.487 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 196963 / Scaling rejects: 116
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.052.6411.0080.983996233115130.3681.24364.9
2.05-2.113.1110.7681.455179228916650.4790.91372.7
2.11-2.175.2840.8681.9710558218319980.6330.95591.5
2.17-2.247.3120.7182.8815305216920930.820.77296.5
2.24-2.317.2270.5833.614946206920680.8630.627100
2.31-2.397.3030.4714.3914424203119750.9170.50797.2
2.39-2.487.2290.3935.4314082194819480.9330.423100
2.48-2.587.3270.3046.8413409186918300.9530.32897.9
2.58-2.77.1950.2418.3413238186318400.9660.2698.8
2.7-2.837.3270.18510.8612331168816830.9840.19999.7
2.83-2.987.1430.13514.3311801167016520.9910.14698.9
2.98-3.167.1240.0920.1711135157715630.9960.09899.1
3.16-3.387.1390.06127.2210580148214820.9980.066100
3.38-3.656.9730.04933.729504137013630.9990.05399.5
3.65-46.9180.04338.078828128212760.9990.04699.5
4-4.476.8050.03743.317982117411730.9990.0499.9
4.47-5.166.6480.03545.046927104510420.9990.03899.7
5.16-6.326.4240.03543.4558209069060.9990.038100
6.32-8.946.4690.03147.545547067040.9990.03399.7
8.94-41.3345.5890.02448.9323644284230.9990.02698.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15rc2_3428精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RRQ

1rrq


解像度: 2→41.334 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 1456 4.82 %
Rwork0.2614 --
obs0.2618 30194 94.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.89 Å2 / Biso mean: 49.0743 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 421 10 75 3246
Biso mean--46.4 35.22 -
残基数----370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7354584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2391898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.07150.4199990.3803196866
2.0715-2.15440.40241250.372248883
2.1544-2.25240.39451470.3624291597
2.2524-2.37120.36541700.3397293598
2.3712-2.51970.32221530.3205298899
2.5197-2.71420.28711490.3081300899
2.7142-2.98730.31681630.2977299799
2.9873-3.41940.24271480.25933078100
3.4194-4.30740.22661460.21913097100
4.3074-41.3340.21471560.20943264100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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