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- PDB-7k27: Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k27
タイトルCrystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ATR inhibitor AZ20
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードGENE REGULATION / Bromodomain / TAF1 / non-BET / BET / kinase inhibitor / ATR / dual BRD-kinase / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape ...positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / midbrain development / cellular response to ATP / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ubiquitin conjugating enzyme activity / MLL1 complex / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / transcription regulator inhibitor activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / p53 binding / cellular response to UV / kinase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription regulator complex / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VCD / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Dual TAF1-ATR Inhibitors and Ligand-Induced Structural Changes of the TAF1 Tandem Bromodomain.
著者: Karim, R.M. / Yang, L. / Chen, L. / Bikowitz, M.J. / Lu, J. / Grassie, D. / Shultz, Z.P. / Lopchuk, J.M. / Chen, J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7998
ポリマ－30,9681
非ポリマー8317
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.260, 54.590, 123.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250


分子量: 30968.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-VCD / 4-{4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-6-[1-(methylsulfonyl)cyclopropyl]pyrimidin-2-yl}-1H-indole


分子量: 412.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34.84 Å / Num. obs: 49801 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.529 % / Biso Wilson estimate: 28.298 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 21.77 / Num. measured all: 325145 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.546.7310.6293.3324412363136270.8840.68199.9
1.54-1.586.630.5074.1423536355535500.9190.5599.9
1.58-1.636.4730.4085.0522307345634460.9530.44399.7
1.63-1.686.0870.3226.120373335133470.9680.35399.9
1.68-1.736.5120.2677.821221326232590.9780.2999.9
1.73-1.796.930.2199.9921553311431100.9870.23699.9
1.79-1.866.9220.17612.121106305030490.9910.19100
1.86-1.946.8450.13215.5920043293029280.9940.14399.9
1.94-2.026.7540.10119.7219148283628350.9960.109100
2.02-2.126.6420.07824.1717814268326820.9970.085100
2.12-2.246.360.06129.0116357257625720.9970.06699.8
2.24-2.375.8380.053214308245324510.9980.05599.9
2.37-2.546.6930.04636.9315360229522950.9980.05100
2.54-2.746.8240.04141.5514734215921590.9990.044100
2.74-36.670.03645.8913166197419740.9990.039100
3-3.356.450.03249.2811622180318020.9990.03599.9
3.35-3.876.140.02953.139885161316100.9990.03299.8
3.87-4.745.5010.02552.357531137913690.9990.02899.3
4.74-6.716.3660.02655.46926108810880.9990.028100
6.71-34.845.7760.02454.7237436526480.9990.02699.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 7K03

7k03


解像度: 1.5→34.84 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1753 1245 2.5 %
Rwork0.1597 48553 -
obs0.1601 49798 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.16 Å2 / Biso mean: 28.7846 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 117 256 2391
Biso mean--32.46 34.59 -
残基数----247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.560.18681370.181753315468
1.56-1.630.21741350.174652735408
1.63-1.720.20681370.162453315468
1.72-1.820.17931380.15853745512
1.82-1.970.18291370.158453395476
1.97-2.160.17551380.147353785516
2.16-2.480.15621380.146353885526
2.48-3.120.16751400.162954575597
3.12-34.840.17641450.163756825827
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63770.4144-0.93031.2153-0.21852.68390.028-0.14350.08860.18-0.01620.01090.0337-0.0987-0.02620.1408-0.00470.00040.1173-0.00820.1304-128.1294-153.0421134.8811
21.66390.4292-1.03831.4221-0.23342.80340.0157-0.0545-0.19110.0672-0.0992-0.02950.0384-0.00010.08430.1301-0.0029-0.01720.1465-0.01150.1865-137.1418-175.4521127.8321
35.9194-2.3643-1.59632.21373.39296.6045-0.1667-0.2384-0.1590.3467-0.00460.03340.451-0.48070.18830.3778-0.06610.02160.30270.05990.1751-147.3952-177.2135147.6288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1380 through 1501 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1502 through 1606 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1607 through 1626 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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