PDB-6tur: human XPG, Apo1 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tur

タイトル

human XPG, Apo1 form

要素

DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / XPG nuclease domain

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-excision repair complex / base-excision repair, AP site formation / bubble DNA binding / response to UV-C / RNA polymerase II complex binding / response to UV / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA endonuclease activity / nucleotide-excision repair / enzyme activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ruiz, F.M. / Fernandez-Tornero, C.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of human XPG, the xeroderma pigmentosum group G endonuclease, provides insight into nucleotide excision DNA repair.
著者: Gonzalez-Corrochano, R. / Ruiz, F.M. / Taylor, N.M.I. / Huecas, S. / Drakulic, S. / Spinola-Amilibia, M. / Fernandez-Tornero, C.

履歴

登録	2020年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tur.cif.gz	273.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tur.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tur_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tur_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	6tur_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	6tur_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tusC 6tuwC 6tuxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bqk-d 5wfi-2 2g36-d 3ums-d 6vo5-2 3c3w-d 3etb-1 5wfi-1 6lbu-d 2uz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (14) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

BBB: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

CCC: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

DDD: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.240, 89.560, 268.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains BBB CCC
5	5	Chains BBB DDD
6	6	Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells / DNA excision repair protein ERCC-5 / Xeroderma pigmentosum group G-complementing protein 分子量: 40977.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC5, ERCM2, XPG, XPGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28715, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

DNA repair protein complementing XP-G cells,DNA repair protein complementing XP-G cells / DNA excision repair protein ERCC-5 / Xeroderma pigmentosum group G-complementing protein

分子量: 40977.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC5, ERCM2, XPG, XPGC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28715, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 100 mM Citric acid pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→134.475 Å / Num. obs: 42886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 80 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.9→3.01 Å / Num. unique obs: 4403 / CC_1/2: 0.528

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→67.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 25.688 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.713 / ESU R Free: 0.408 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2814	1071	2.501 %
R_work	0.2375	41757	-
all	0.239	-	-
obs	-	42828	99.995 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.093 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	6.335 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→67.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10271	0	0	0	10271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.644	14214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.155	1.577	23101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.914	5	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.261	22.522	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.511	15	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.777	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	9161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4731
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.304	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.928	10.63	5052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.912	10.629	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.757	15.906	6287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.756	15.907	6288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.506	11.05	5463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.505	11.051	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.641	16.323	7927
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.64	16.324	7928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.764	118.419	11297
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.763	118.427	11298
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.143	0.05	9088
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.139	0.05	8951
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.148	0.05	9286
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.127	0.05	9343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.148	0.05	9126
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.144	0.05	8995

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.9-2.975	0.394	77	0.396	3015	0.396	3092	0.686	0.732	100	0.396
2.975-3.057	0.395	76	0.39	2972	0.39	3048	0.59	0.603	100	0.39
3.057-3.145	0.371	75	0.376	2886	0.375	2961	0.59	0.592	100	0.376
3.145-3.242	0.324	71	0.343	2777	0.342	2849	0.663	0.682	99.9649	0.343
3.242-3.348	0.361	69	0.31	2719	0.311	2788	0.754	0.794	100	0.31
3.348-3.466	0.354	68	0.297	2657	0.298	2725	0.749	0.806	100	0.297
3.466-3.597	0.348	66	0.288	2552	0.289	2618	0.798	0.829	100	0.288
3.597-3.743	0.287	63	0.243	2465	0.244	2528	0.847	0.894	100	0.243
3.743-3.91	0.262	61	0.243	2352	0.244	2413	0.88	0.894	100	0.243
3.91-4.1	0.316	58	0.249	2273	0.25	2331	0.855	0.881	100	0.249
4.1-4.322	0.261	55	0.211	2140	0.212	2195	0.908	0.925	100	0.211
4.322-4.584	0.225	52	0.181	2041	0.182	2093	0.927	0.94	100	0.181
4.584-4.9	0.243	50	0.176	1933	0.177	1983	0.92	0.942	100	0.176
4.9-5.292	0.249	45	0.188	1794	0.19	1839	0.931	0.941	100	0.188
5.292-5.796	0.257	43	0.198	1654	0.2	1697	0.936	0.944	100	0.198
5.796-6.479	0.307	39	0.206	1537	0.209	1576	0.916	0.946	100	0.206
6.479-7.478	0.273	35	0.213	1357	0.214	1392	0.916	0.934	100	0.213
7.478-9.152	0.22	30	0.16	1154	0.162	1184	0.949	0.96	100	0.16
9.152-12.913	0.22	23	0.173	930	0.174	953	0.937	0.967	100	0.173
12.913-134.475	0.331	15	0.446	549	0.443	565	0.88	0.857	99.823	0.446

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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