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- PDB-7joo: Crystal structure of ICOS in complex with antibody STIM003 and an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7joo
タイトルCrystal structure of ICOS in complex with antibody STIM003 and anti-kappa VHH domain
要素
  • Inducible T-cell costimulator
  • STIM003 Fab Heavy chain
  • STIM003 Fab Light chain
  • anti-kappa VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune checkpoint / glycoprotein / receptor / T-cell / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell tolerance induction / Costimulation by the CD28 family / T cell costimulation / cell-cell adhesion / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Inducible T-cell costimulator / ICOS V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Inducible T-cell costimulator
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rujas, E. / Sicard, T. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-1488 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of the ICOS/ICOS-L immune complex reveals high molecular mimicry by therapeutic antibodies.
著者: Rujas, E. / Cui, H. / Sicard, T. / Semesi, A. / Julien, J.P.
履歴
登録2020年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02022年12月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: anti-kappa VHH
H: STIM003 Fab Heavy chain
L: STIM003 Fab Light chain
C: Inducible T-cell costimulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8546
ポリマ－73,5414
非ポリマー3132
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.855, 49.031, 91.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.901, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 KHL

#1: 抗体 anti-kappa VHH


分子量: 11326.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: 抗体 STIM003 Fab Heavy chain


分子量: 24164.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 STIM003 Fab Light chain


分子量: 23619.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#4: タンパク質 Inducible T-cell costimulator / Activation-inducible lymphocyte immunomediatory molecule


分子量: 14430.349 Da / 分子数: 1 / Mutation: N23Q, C136A, C137A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICOS, AILIM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6W8
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 167分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M di-sodium hydrogen phosphate and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979341 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979341 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→40 Å / Num. obs: 30150 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.48 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3223 / CC1/2: 0.732 / Rpim(I) all: 0.258 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I8L, internal database

1i8l


解像度: 2.4→28.48 Å / SU ML: 0.4469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.9037
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 1485 5 %
Rwork0.2413 28203 -
obs0.244 29688 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4855 0 20 166 5041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60826779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043877
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.02281713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.41281340.32082549X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-2.570.35921330.31452523X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.36981340.31012543X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.790.46021330.32382542X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-2.940.35951340.2982528X-RAY DIFFRACTION99.92
2.94-3.120.33391350.26552557X-RAY DIFFRACTION99.93
3.12-3.360.30151330.25212555X-RAY DIFFRACTION99.89
3.36-3.70.27421360.22442568X-RAY DIFFRACTION99.93
3.7-4.230.25881350.2182567X-RAY DIFFRACTION99.96
4.23-5.330.24171370.19522599X-RAY DIFFRACTION100
5.33-28.480.26981410.22192672X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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