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- PDB-1i8l: HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i8l
タイトルHUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX
要素
  • CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
  • T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD80
キーワードIMMUNE SYSTEM / RECEPTORS / INHIBITORY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway ...negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / positive regulation of signal transduction / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / Co-stimulation by CD28 / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of B cell proliferation / Interleukin-10 signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / B cell receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / immune response / positive regulation of apoptotic process / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 / T-lymphocyte activation antigen CD80
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stamper, C.C. / Somers, W.S. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the B7-1/CTLA-4 complex that inhibits human immune responses.
著者: Stamper, C.C. / Zhang, Y. / Tobin, J.F. / Erbe, D.V. / Ikemizu, S. / Davis, S.J. / Stahl, M.L. / Seehra, J. / Somers, W.S. / Mosyak, L.
履歴
登録2001年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD80
B: T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD80
C: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
D: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,08724
ポリマ－74,7454
非ポリマー4,34220
水00
1
A: T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD80
C: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,54312
ポリマ－37,3722
非ポリマー2,17110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD80
D: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,54312
ポリマ－37,3722
非ポリマー2,17110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.600, 183.238, 230.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN CD80 / ACTIVATION B7-1 ANTIGEN / CTLA-4 COUNTER-RECEPTOR B7.1


分子量: 23892.018 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 35-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P33681
#2: タンパク質 CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4 / CTLA-4 / CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4


分子量: 13480.313 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 36-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P16410
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
314 %PEG80001reservoir
4200 mMmagnesium acetate1reservoir
5100 mMcacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 38815 / % possible obs: 99.2 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 209381 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Num. unique obs: 3636 / Rmerge(I) obs: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN B7-1 DIMER

解像度: 3→19.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 162155.86 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1887 6 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 31405 82.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.32 Å2 / ksol: 0.252 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-36.05 Å20 Å20 Å2
2---12.34 Å20 Å2
3----23.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4834 0 274 0 5108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.572.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 204 5.9 %
Rwork0.308 3271 -
obs--55.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2NAG_MAN.PARAMNAG_MAN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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