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万見
- PDB-3cbi: Crystal structure of the ternary complex of phospholipase A2 with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cbi
タイトルCrystal structure of the ternary complex of phospholipase A2 with ajmaline and anisic acid at 3.1 A resolution
要素Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
キーワードHYDROLASE / PLA2 / TERNARY COMPLEX / AJMALINE / ANISIC ACID / PHOSPHOLIPASE A2 / Calcium / Lipid degradation / Metal-binding / Neurotoxin / Presynaptic neurotoxin / Secreted / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AJMALINE / 4-METHOXYBENZOIC ACID / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kumar, S. / Vikram, G. / Singh, N. / Sharma, S. / Kaur, P. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of phospholipase A2 with ajmaline and anisic acid at 3.1 A resolution
著者: Kumar, S. / Vikram, G. / Singh, N. / Sharma, S. / Kaur, P. / Singh, T.P.
履歴
登録2008年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
B: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
C: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
D: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,32112
ポリマ－54,5194
非ポリマー1,8028
水00
1
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0803
ポリマ－13,6301
非ポリマー4512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0803
ポリマ－13,6301
非ポリマー4512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0803
ポリマ－13,6301
非ポリマー4512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0803
ポリマ－13,6301
非ポリマー4512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.799, 108.799, 43.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Phosphatidylcholine 2- acylhydrolase / DPLA2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ) / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / 参照: UniProt: P59071, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-AJM / AJMALINE


分子量: 298.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2O2 / コメント: 抗不整脈薬, alkaloid*YM
#3: 化合物
ChemComp-ANN / 4-METHOXYBENZOIC ACID / P-ANISIC ACID / 4-メトキシ安息香酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG-4K, 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月18日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 9938 / Num. obs: 9673 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OTF

2otf


解像度: 3.15→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 513 -RANDOM
Rwork0.2276 ---
all0.2331 9673 --
obs-9160 92.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 132 0 3904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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