PDB-6itg: a new alginate lyase (PL6) from Vibrio splendidus OU02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6itg

タイトル

a new alginate lyase (PL6) from Vibrio splendidus OU02

要素

Alginate lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio splendidus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Liu, W.Z. / Lyu, Q.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Structural insights into a novel Ca2+-independent PL-6 alginate lyase from Vibrio OU02 identify the possible subsites responsible for product distribution.
著者: Lyu, Q. / Zhang, K. / Shi, Y. / Li, W. / Diao, X. / Liu, W.

履歴

登録	2018年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6itg.cif.gz	438.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6itg.ent.gz	355.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6itg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z9tC 6a40C 5gkdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4muu-d 4bc3-1 6d9d-d 3gf4-2 6jj9-2 6d9a-d 5br7-d 6m20-4 5zqt-2 2ekq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alginate lyase

B: Alginate lyase

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alginate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alginate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.327, 106.327, 100.575
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Alginate lyase 分子量: 59080.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio splendidus (バクテリア) / 遺伝子: BTO12_02510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S7V3I3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: pH7.0, 2.4M Sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 216544 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.42→1.47 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GKD

5gkd

解像度: 1.42→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.808 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16015	11420	5 %	RANDOM
R_work	0.12515	-	-	-
obs	0.12689	216544	94.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.42→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7743	0	32	987	8762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	8003
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.941	10873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.249	5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.273	25.676	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.659	15	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.28	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.11	1.445	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.597	2.185	5088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.825	1.76	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.475	14.061	13186
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.451	3	8003
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	37.32	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.946	5	8552

LS精密化シェル

解像度: 1.416→1.453 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	436	-
R_work	0.26	8518	-
obs	-	-	50.17 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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