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- PDB-6x4g: Crystal structure of ICOS in complex with ICOS-L and an anti ICOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x4g
タイトルCrystal structure of ICOS in complex with ICOS-L and an anti ICOS-L VNAR domain
要素
  • ICOS ligand
  • Inducible T-cell costimulator
  • anti ICOS-L VHH domain VNAR
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune checkpoint / receptors / glycoproteins / T-cell / B-cell
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell tolerance induction / Regulation of T cell activation by CD28 family / T follicular helper cell differentiation / hyperosmotic response / positive regulation of activated T cell proliferation / B cell activation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell costimulation / regulation of cytokine production / T cell activation ...T cell tolerance induction / Regulation of T cell activation by CD28 family / T follicular helper cell differentiation / hyperosmotic response / positive regulation of activated T cell proliferation / B cell activation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell costimulation / regulation of cytokine production / T cell activation / defense response / cell-cell adhesion / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / signaling receptor activity / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / adaptive immune response / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Inducible T-cell costimulator / ICOS V-set domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Inducible T-cell costimulator / ICOS V-set domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ICOS ligand / Inducible T-cell costimulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rujas, E. / Sicard, T. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-1488 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of the ICOS/ICOS-L immune complex reveals high molecular mimicry by therapeutic antibodies.
著者: Rujas, E. / Cui, H. / Sicard, T. / Semesi, A. / Julien, J.P.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inducible T-cell costimulator
C: ICOS ligand
N: anti ICOS-L VHH domain VNAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,41212
ポリマ－54,1713
非ポリマー3,2419
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.015, 104.015, 123.108
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Inducible T-cell costimulator / Activation-inducible lymphocyte immunomediatory molecule


分子量: 13412.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICOS, AILIM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6W8
#2: タンパク質 ICOS ligand / B7 homolog 2 / B7-H2 / B7-like protein Gl50 / B7-related protein 1 / B7RP-1


分子量: 26771.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICOSLG, B7H2, B7RP1, ICOSL, KIAA0653 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75144

-
抗体 / 非ポリマー , 2種, 2分子 N

#3: 抗体 anti ICOS-L VHH domain VNAR


分子量: 13987.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, and 30% (v/v) Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 10227 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 406 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I8L, 4I0K, 1T6V

1i8l

4i0k

1t6v


解像度: 3.5→39.73 Å / SU ML: 0.5761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 434 5 %
Rwork0.2241 8242 -
obs0.2262 8676 96.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→39.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3301 0 212 0 3513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01043575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13084848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0845602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.0043582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-4.010.37091300.27522485X-RAY DIFFRACTION89.89
4.01-5.050.26451480.2052810X-RAY DIFFRACTION100
5.05-39.730.22921560.21832947X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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