PDB-7f5m: Crystal structure of Sas5 YEATS domain in complex with H3K27bz peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f5m

タイトル

Crystal structure of Sas5 YEATS domain in complex with H3K27bz peptide

要素

LYS-GLN-LEU-ALA-SER-LYS-ALA-ALA-ARG-LBZ-SER-ALA-PRO-SER-THR-GLY-GLY-VAL-LYS-TYR
Something about silencing protein 5

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / histone modification / histone benzoylation / protein-protein interaction / YEATS domain

機能・相同性

機能・相同性情報

SAS acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / Ino80 complex / SWI/SNF complex / transcription factor TFIID complex / acetyltransferase activity / subtelomeric heterochromatin formation / histone acetyltransferase activity / histone binding / chromosome, telomeric region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, D. / Yan, F. / Chen, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Global profiling of regulatory elements in the histone benzoylation pathway.
著者: Wang, D. / Yan, F. / Wu, P. / Ge, K. / Li, M. / Li, T. / Gao, Y. / Peng, C. / Chen, Y.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7f5m_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
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CIF形式データ	7f5m_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f3sC 7f4aC 7f4eC 7f51C 5d7eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kn3-d 2xqq-d 5x0o-3 5cre-d 5abd-d 2yiz-d 6uyi-d 4e9j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Something about silencing protein 5

B: Something about silencing protein 5

C: LYS-GLN-LEU-ALA-SER-LYS-ALA-ALA-ARG-LBZ-SER-ALA-PRO-SER-THR-GLY-GLY-VAL-LYS-TYR

ヘテロ分子

35.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.578, 126.578, 48.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Something about silencing protein 5 分子量: 16284.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SAS5, YOR213C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99314
#2: タンパク質・ペプチド	LYS-GLN-LEU-ALA-SER-LYS-ALA-ALA-ARG-LBZ-SER-ALA-PRO-SER-THR-GLY-GLY-VAL-LYS-TYR 分子量: 2156.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-Hcl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 17766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 0.953 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 118325

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	6.9	0.899	894	0.703	0.364	0.971	0.992	100
2.44-2.49	7	0.77	866	0.752	0.31	0.831	0.98	100
2.49-2.53	6.9	0.687	880	0.787	0.279	0.743	1.007	100
2.53-2.59	6.8	0.58	889	0.858	0.236	0.627	1.012	100
2.59-2.64	6.8	0.479	864	0.897	0.197	0.519	0.979	100
2.64-2.7	6.7	0.408	917	0.909	0.168	0.442	1.066	100
2.7-2.77	6.5	0.326	847	0.936	0.136	0.354	0.996	99.9
2.77-2.85	6.2	0.285	879	0.952	0.123	0.311	1.064	100
2.85-2.93	6.4	0.232	877	0.965	0.098	0.252	1.061	100
2.93-3.02	6.9	0.191	892	0.981	0.077	0.206	1.028	100
3.02-3.13	7	0.157	865	0.988	0.063	0.17	1.018	100
3.13-3.26	6.8	0.117	906	0.991	0.048	0.127	1.02	100
3.26-3.41	6.8	0.097	867	0.994	0.039	0.105	1.026	100
3.41-3.58	6.6	0.079	889	0.995	0.033	0.085	1.01	100
3.58-3.81	6.2	0.064	891	0.996	0.027	0.07	0.964	100
3.81-4.1	6.8	0.053	895	0.998	0.022	0.058	0.942	99.9
4.1-4.52	6.9	0.043	896	0.998	0.018	0.047	0.856	100
4.52-5.17	6.6	0.038	886	0.999	0.016	0.042	0.747	100
5.17-6.51	6.3	0.042	913	0.998	0.018	0.046	0.698	100
6.51-50	6.2	0.031	953	0.999	0.013	0.034	0.581	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D7E

5d7e

解像度: 2.4→27.4 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2744	886	5.02 %
R_work	0.227	16779	-
obs	0.2294	17665	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.9 Å² / B_iso mean: 67.1069 Å² / B_iso min: 23.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→27.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2275	0	36	95	2406
B_iso mean	-	-	72.43	48.68	-
残基数	-	-	-	-	281

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.55	0.3558	143	0.3109	2734	2877	97
2.55-2.75	0.3374	148	0.3012	2756	2904	100
2.75-3.03	0.3079	160	0.2784	2782	2942	100
3.03-3.46	0.2803	142	0.2288	2801	2943	100
3.46-4.36	0.2294	143	0.1917	2828	2971	100
4.36-27.4	0.2626	150	0.1991	2878	3028	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1572	-1.0723	-0.4208	8.9815	2.8887	1.0618	-0.401	0.5656	0.1333	0.6154	0.3697	-1.1728	0.7341	1.068	-0.0107	0.9835	0.1712	-0.0112	1.4817	0.5546	1.3202	-32.453	4.9761	-4.3705
2	3.6142	-1.8829	3.5096	7.7305	-5.3032	7.677	0.2206	0.5141	0.5521	0.1997	-1.3729	-1.0701	-0.1479	1.8201	1.0871	0.7039	0.0613	0.0155	1.0893	0.2315	0.9711	-37.7372	11.3	-3.708
3	5.7527	-1.7285	1.6894	7.7044	-3.6787	5.5862	-0.0622	0.5146	0.029	0.4816	-0.4809	-0.6239	-1.0309	0.8059	0.4032	1.0708	-0.0025	-0.0989	0.809	0.0797	0.8343	-46.4342	20.8532	-11.4966
4	4.6675	1.7401	5.7432	3.8253	1.7451	7.1293	-0.4301	1.319	1.0779	-0.4019	-0.3994	0.3555	-0.9441	1.9745	0.8023	0.5391	0.0031	-0.0102	0.6074	0.1507	0.615	-52.9797	7.2864	0.0172
5	9.174	1.2513	-1.0208	2.3446	-0.9176	2.7309	-0.4129	-0.9194	-1.0394	0.7944	-0.2495	-0.4999	1.3319	-0.0838	0.7534	0.7661	0.0002	0.1154	0.4179	0.027	0.6162	-58.7332	-1.4646	18.5407
6	2.6527	2.986	0.5749	8.8619	-0.1449	1.7277	-0.2956	0.6825	-0.0001	0.0453	0.3478	-0.9406	-0.0048	0.0582	-0.0419	0.3993	0.0208	0.0207	0.3182	0.0563	0.3536	-51.117	22.8802	18.1864
7	1.6444	0.2566	2.7177	5.5179	3.5922	6.3808	0.0151	-0.3122	-0.9228	1.1882	-0.3713	2.2279	1.8306	-1.2808	0.3483	0.8542	-0.1836	0.2094	0.4395	0.1051	0.5454	-68.5738	-4.3191	20.4085
8	1.735	0.0736	0.4647	8.774	0.6188	1.6073	0.0801	-0.1109	0.1079	0.4271	-0.1711	0.3372	-0.0598	-0.1513	0.0921	0.2359	0.011	0.0538	0.2437	0.0285	0.2498	-58.1543	23.0414	17.9409
9	2.7085	-0.8251	-2.087	3.6346	3.1375	4.5241	0.3358	0.1624	0.3795	-1.0838	-0.5395	1.0911	-0.3125	-0.5304	0.1293	0.3518	0.0229	-0.072	0.3215	0.029	0.3001	-64.2498	17.0782	8.0042
10	2.034	2.3214	0.4569	7.2994	0.791	0.9875	-0.1304	0.1417	0.2669	-0.3204	0.0772	0.2007	0.0686	0.03	0.0754	0.2142	0.0149	0.0047	0.1939	0.0166	0.2237	-59.0816	16.9152	11.0316
11	4.7102	3.0215	-2.694	8.0795	-2.3869	6.3299	-0.2144	-0.0277	-0.5446	0.285	-0.3061	-0.7913	0.2008	0.1349	0.6844	0.2766	0.0018	-0.0072	0.2319	-0.0042	0.2549	-53.3625	14.6317	14.8722
12	-0.0598	0.2682	-0.3463	7.9509	-5.1694	4.6277	0.0326	-0.0744	0.1163	0.6335	-0.3311	-0.618	-0.5387	0.3178	0.2749	0.3158	-0.0694	-0.0602	0.3663	0.042	0.3995	-49.8189	33.2077	15.6861
13	6.5019	-3.8362	-0.5698	9.3927	-1.3229	7.6779	-0.3067	-0.6487	-0.0609	1.812	0.1692	1.0808	0.1662	-0.0739	0.1423	0.6852	0.0125	-0.0025	0.7667	0.0807	0.7326	-44.8181	10.0603	-5.1142
14	1.4703	-2.9038	1.0817	7.2714	-1.9314	1.0715	0.6146	0.0333	-0.2774	-0.0141	-0.6445	-0.2694	0.8435	0.288	-0.073	0.9732	0.1621	0.0044	1.1737	0.2905	1.0828	-39.8452	2.5269	-7.0365
15	1.8664	0.052	0.0634	6.1031	-2.3431	2.0904	-0.9234	-0.6008	-0.2396	0.0284	0.4041	2.1917	-0.4313	-0.2065	0.5381	0.7537	0.1887	0.0445	0.8577	0.1216	1.1576	-52.2576	11.0742	-12.1537
16	3.163	1.9222	2.3665	1.2937	1.4705	1.8293	0.1397	0.4789	-0.8452	-0.1218	-0.3303	-0.7254	0.8034	-0.1244	0.4923	0.8421	-0.0094	0.0835	1.3617	0.4288	1.2326	-36.3507	13.4153	-12.294
17	1.184	-2.3479	0.4006	7.5267	-1.4301	2.8522	0.5318	0.3102	-1.0987	-0.3818	0.3677	-0.2014	1.2468	0.7689	-0.4335	1.24	0.4102	-0.2144	1.6216	0.5494	1.5801	-23.9908	3.8372	-4.3245
18	5.7422	1.2946	3.5507	9.9806	1.2529	2.2981	0.5524	0.0934	-0.8757	1.5829	0.8402	-0.8659	1.3158	1.2551	-1.4726	1.2	0.2413	-0.1671	1.5137	0.3493	1.0638	-33.8509	9.092	-15.4766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 76 through 92 )	B	76 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 93 through 111 )	B	93 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 112 through 139 )	B	112 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 18 through 25 )	C	18 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 26 through 37 )	C	26 - 37
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1 through 17 )	A	1 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 18 through 30 )	A	18 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 31 through 58 )	A	31 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 59 through 75 )	A	59 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 76 through 96 )	A	76 - 96
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 97 through 111 )	A	97 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 112 through 139 )	A	112 - 139
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 4 through 16 )	B	4 - 16
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 31 through 40 )	B	31 - 40
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 41 through 48 )	B	41 - 48
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 49 through 58 )	B	49 - 58
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 59 through 66 )	B	59 - 66
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 67 through 75 )	B	67 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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