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万見
- PDB-4e9j: Crystal structure of the N-terminal domain of the secretin XcpQ f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e9j
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the secretin XcpQ from Pseudomonas aeruginosa
要素General secretion pathway protein D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Homodimer / XcpQ / periplasmic domain / Structural Protein / Periplasmic space / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Van der Meeren, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: New Insights into the Assembly of Bacterial Secretins: STRUCTURAL STUDIES OF THE PERIPLASMIC DOMAIN OF XcpQ FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA.
著者: Van der Meeren, R. / Wen, Y. / Van Gelder, P. / Tommassen, J. / Devreese, B. / Savvides, S.N.
履歴
登録2012年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32013年2月6日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein D
B: General secretion pathway protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0643
ポリマ－53,0402
非ポリマー241
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: General secretion pathway protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5201
ポリマ－26,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: General secretion pathway protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5442
ポリマ－26,5201
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.500, 39.720, 93.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

MG

21A-377-

HOH

31B-457-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein D


分子量: 26519.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692/PAO1/1C/PRS 101/LMG 12228 / 遺伝子: xcpQ, PA3105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35818
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG3350, EVAPORATION, temperature 293.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9193 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9193 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→39.67 Å / Num. obs: 28407 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 32.42 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Proxima1 Soleilデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX+ BUSTER 2.10.0精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→45.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9175 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8991 / SU R Cruickshank DPI: 0.492 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1382 4.96 %RANDOM
Rwork0.2104 ---
obs0.2123 27839 98.29 %-
all-28407 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6839 Å20 Å21.304 Å2
2---1.6624 Å20 Å2
3----1.0215 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 1 203 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.1611170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1339SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONf_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONf_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONf_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes954HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONf_it6175HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONf_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONf_other_torsion14.51
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_improper_torsion455SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONf_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONf_ideal_dist_contact6824SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.11 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 144 4.94 %
Rwork0.2077 2772 -
all0.2089 2916 -
obs--98.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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