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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f4e | |||||||||
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Title | Crystal structure of Hst2 in complex with H3K9bz peptide | |||||||||
![]() |
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![]() | NUCLEAR PROTEIN / histone modification / histone benzoylation / protein-protein interaction / NAD-dependent histone deacetylase | |||||||||
Function / homology | ![]() Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD-dependent histone deacetylase activity / replication fork protection complex / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / NAD+ binding / CENP-A containing nucleosome / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / transferase activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, D. / Yan, F. / Chen, Y. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Global profiling of regulatory elements in the histone benzoylation pathway. Authors: Wang, D. / Yan, F. / Wu, P. / Ge, K. / Li, M. / Li, T. / Gao, Y. / Peng, C. / Chen, Y. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 139.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 104.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 447.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7f3sC ![]() 7f4aC ![]() 7f51C ![]() 7f5mC ![]() 1q1aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32523.293 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: HST2, YPL015C, LPA2C / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P53686, protein acetyllysine N-acetyltransferase |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1139.263 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P61830 |
#3: Chemical | ChemComp-ZN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 25% (w/v) PEG 1500, 0.1M MMT/Sodium hydroxide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97855 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→50 Å / Num. obs: 26704 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 167194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1Q1A Resolution: 1.78→28.61 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.45 Å2 / Biso mean: 32.0897 Å2 / Biso min: 7.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→28.61 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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