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- PDB-4c7b: Complex of human Sirt3 with Bromo-Resveratrol and Fluor-De-Lys peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7b
タイトルComplex of human Sirt3 with Bromo-Resveratrol and Fluor-De-Lys peptide
要素
  • NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
  • PEPTIDE
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX / HYDROLASE / SIRTUIN / INHIBITOR / ACTIVATION / RESVERATROL / SIRT1 / METABOLIC SENSOR / METABOLISM / AGING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-[(E)-2-(4-bromophenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol / ISOPROPYL ALCOHOL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nguyen, G.T.T. / Gertz, M. / Weyand, M. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Sirt3 Complexes with 4'-Bromo-Resveratrol Reveal Binding Sites and Inhibition Mechanism.
著者: Nguyen, G.T.T. / Gertz, M. / Steegborn, C.
履歴
登録2013年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32016年12月14日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
B: PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8908
ポリマ－32,1972
非ポリマー6936
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-5.9 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.820, 114.820, 123.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1396-

IPA

21A-2041-

HOH

31A-2064-

HOH

41A-2083-

HOH

51A-2094-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL


分子量: 31427.162 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 117-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PVFT3S / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


分子量: 769.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 142分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BVB / 5-[(E)-2-(4-bromophenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol


分子量: 291.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11BrO2
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 200 MM NACL,100 MM HEPES PH 7, 10% (V/V) ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.92039
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月29日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.1 Å / Num. obs: 35487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H8D

4h8d
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 9.863 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23402 925 5 %RANDOM
Rwork0.18046 ---
obs0.18305 17585 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.286 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0.35 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---2.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2113 0 40 136 2289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1182.0083000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0693.0044954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6745264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82722.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64615353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0291520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7151.3871059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7151.3891060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.812.0551319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8092.0571320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3821.8781149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3811.8781150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5882.6771681
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.01513.9442564
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.01413.9492565
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 67 -
Rwork0.286 1283 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.98 Å / Origin y: -16.737 Å / Origin z: 7.823 Å
111213212223313233
T0.3274 Å2-0.0612 Å20.0398 Å2-0.3378 Å2-0.0041 Å2--0.0226 Å2
L1.3064 °2-0.666 °20.1619 °2-0.9771 °20.2056 °2--0.8636 °2
S-0.0168 Å °-0.0087 Å °0.1028 Å °-0.1188 Å °0.065 Å °-0.1394 Å °-0.1302 Å °0.1223 Å °-0.0482 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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