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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ege | ||||||
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タイトル | TFIID in canonical conformation | ||||||
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![]() | TRANSLATION / TFIID / preinitiation complex / core promoter / transcription initiation | ||||||
機能・相同性 | ![]() spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / TFIIH-class transcription factor complex binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of androgen receptor activity / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / male pronucleus / female pronucleus / positive regulation by host of viral transcription / transcription regulator inhibitor activity / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / SAGA complex / limb development / regulation of fat cell differentiation / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / nuclear thyroid hormone receptor binding / inner cell mass cell proliferation / response to L-glutamate / cellular response to ATP / midbrain development / histone acetyltransferase binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ubiquitin conjugating enzyme activity / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of RNA splicing / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / TFIIB-class transcription factor binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of cell cycle / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / estrogen receptor signaling pathway / regulation of DNA repair / somitogenesis / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to interleukin-1 / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / euchromatin / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | ||||||
![]() | Chen, X. / Wu, Z. / Li, J. / Zhao, D. / Xu, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters. 著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu / ![]() 要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters. | ||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 828.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 841.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 110.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 182.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31114MC ![]() 7edxC ![]() 7eg7C ![]() 7eg8C ![]() 7eg9C ![]() 7egaC ![]() 7egbC ![]() 7egcC ![]() 7egdC ![]() 7egfC ![]() 7eggC ![]() 7eghC ![]() 7egiC ![]() 7egjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 13種, 19分子 ABDdEeFfGHIiJjLlckm
#1: タンパク質 | 分子量: 212956.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||||||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 110221.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 86932.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 72749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 34304.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 29006.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 21731.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 17948.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #14: タンパク質 | | 分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#11: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TFIID in canonical conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66920 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |