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- PDB-7egc: p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7egc
タイトルp53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter
要素
  • (DNA (71-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA ...) x 9
  • (General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ...) x 2
  • (General transcription factor IIF subunit ...) x 2
  • (General transcription factor IIH subunit ...) x 5
  • (Transcription initiation factor ...) x 17
  • CDK-activating kinase assembly factor MAT1
  • Cyclin-H
  • Cyclin-dependent kinase 7
  • General transcription factor IIE subunit 1
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPB10
  • RPB12
  • TATA-box-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION / TFIID / preinitiation complex / core promoter / transcription initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of MHC class I biosynthetic process / microfibril binding / spermine transport / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex ...negative regulation of MHC class I biosynthetic process / microfibril binding / spermine transport / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / positive regulation of androgen receptor signaling pathway / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / TFIIH-class transcription factor complex binding / central nervous system myelin formation / negative regulation of protein autoubiquitination / positive regulation of core promoter binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair factor 3 complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / ventricular system development / SLIK (SAGA-like) complex / histone H4K16ac reader activity / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIK complex / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / UV protection / hepatocyte differentiation / transcription factor TFIIF complex / embryonic cleavage / positive regulation of response to cytokine stimulus / DNA 5'-3' helicase / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription factor TFIIA complex / adult heart development / maintenance of protein location in nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / female germ cell nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / G protein-coupled receptor internalization / histone H3K4me3 reader activity / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / male pronucleus / host-mediated activation of viral transcription / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of fat cell differentiation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / limb development / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination
類似検索 - 分子機能
TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAF2 Ig-like domain / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 ...TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAF2 Ig-like domain / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / CyclinH/Ccl1 / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFB5-like superfamily / Cyclin-dependent kinase 7 / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / : / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...IRON/SULFUR CLUSTER / : / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / General transcription factor IIF subunit 2 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription factor IIH subunit 1 / General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cyclin-H / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Chen, X. / Wu, Z. / Hou, H. / Qi, Y. / Wang, X. / Li, J. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-31112
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
1: General transcription factor IIH subunit 1
2: General transcription factor IIH subunit 2
3: General transcription factor IIH subunit 3
4: General transcription factor IIH subunit 4
5: General transcription factor IIH subunit 5
6: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
7: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
8: Cyclin-dependent kinase 7
9: Cyclin-H
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
F: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
H: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
I: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
J: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
L: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
O: Transcription initiation factor IIA subunit 2
P: TATA-box-binding protein
Q: Transcription initiation factor IIA subunit 1
R: Transcription initiation factor IIB
S: General transcription factor IIF subunit 1
T: General transcription factor IIF subunit 2
U: General transcription factor IIE subunit 1
V: Transcription initiation factor IIE subunit beta
X: DNA (71-MER)
Y: DNA (71-MER)
c: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
d: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
e: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
f: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
i: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
j: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
k: Transcription initiation factor TFIID subunit 11
l: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
m: Transcription initiation factor TFIID subunit 13
o: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
p: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
q: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
r: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
s: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
t: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
u: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
v: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
w: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
x: RPB10
y: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
z: RPB12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,592,32369
ポリマ－2,590,90051
非ポリマー1,42218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 8種, 8分子 089PUxyz

#1: タンパク質 CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger ...CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger protein 66 / RING finger protein MAT1 / p35 / p36


分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51948
#9: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 7 / 39 kDa protein kinase / p39 Mo15 / CDK-activating kinase 1 / Cell division protein kinase 7 / ...39 kDa protein kinase / p39 Mo15 / CDK-activating kinase 1 / Cell division protein kinase 7 / Serine/threonine-protein kinase 1 / TFIIH basal transcription factor complex kinase subunit


分子量: 39090.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7, CAK, CAK1, CDKN7, MO15, STK1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P50613, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#10: タンパク質 Cyclin-H / MO15-associated protein / p34 / p37


分子量: 37695.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51946
#22: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226
#27: タンパク質 General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha ...General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha


分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29083
#43: タンパク質 RPB10


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#44: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#45: タンパク質 RPB12


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

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General transcription factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 12345

#2: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 1 / Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH polypeptide 1 / TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit


分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32780
#3: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 2 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH polypeptide 2 / TFIIH basal transcription factor complex p44 subunit


分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H2, BTF2P44 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13888
#4: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 3 / Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH polypeptide 3 / TFIIH basal transcription factor complex p34 subunit


分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13889
#5: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 4 / Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 52 kDa subunit / BTF2 p52 / General transcription factor IIH polypeptide 4 / TFIIH basal transcription factor complex p52 subunit


分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92759
#6: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor ...General transcription factor IIH polypeptide 5 / TFB5 ortholog / TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit


分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H5, C6orf175, TTDA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZYL4

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General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 67

#7: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / TFIIH subunit XPB / Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair ...TFIIH subunit XPB / Basic transcription factor 2 89 kDa subunit / BTF2 p89 / DNA excision repair protein ERCC-3 / DNA repair protein complementing XP-B cells / TFIIH basal transcription factor complex 89 kDa subunit / TFIIH 89 kDa subunit / TFIIH p89 / Xeroderma pigmentosum group B-complementing protein


分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC3, XPB, XPBC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19447, DNA helicase
#8: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / TFIIH subunit XPD / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision ...TFIIH subunit XPD / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision repair protein ERCC-2 / DNA repair protein complementing XP-D cells / TFIIH basal transcription factor complex 80 kDa subunit / TFIIH 80 kDa subunit / TFIIH p80 / Xeroderma pigmentosum group D-complementing protein


分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase

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Transcription initiation factor ... , 17種, 23分子 ABDdEeFfGHIiJjLlOQRVckm

#11: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAF(II)250 / TAFII-250 / TAFII250


分子量: 212956.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#12: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / 150 kDa cofactor of initiator function / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit B / TBP- ...150 kDa cofactor of initiator function / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit B / TBP-associated factor 150 kDa / Transcription initiation factor TFIID 150 kDa subunit / TAF(II)150 / TAFII-150 / TAFII150


分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF2, CIF150, TAF2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1X5
#13: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit C / TBP-associated factor 4 / Transcription ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit C / TBP-associated factor 4 / Transcription initiation factor TFIID 130 kDa subunit / TAF(II)130 / TAFII-130 / TAFII130 / Transcription initiation factor TFIID 135 kDa subunit / TAF(II)135 / TAFII-135 / TAFII135


分子量: 110221.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268
#14: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID 100 kDa subunit / TAF(II)100 / TAFII-100 / TAFII100


分子量: 86932.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF5, TAF2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542
#15: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa subunit / TAF(II)70 / TAFII-70 / TAFII70 / Transcription initiation factor TFIID 80 kDa subunit / TAF(II)80 / TAFII-80 / TAFII80


分子量: 72749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF6, TAF2E, TAFII70 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848
#16: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit F / Transcription initiation factor TFIID 55 kDa ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit F / Transcription initiation factor TFIID 55 kDa subunit / TAF(II)55 / TAFII-55 / TAFII55


分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF7, TAF2F, TAFII55 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15545
#17: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription ...Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription initiation factor TFIID 43 kDa subunit / TAFII-43 / TAFII43 / hTAFII43


分子量: 34304.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF8, TAFII43, TBN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8
#18: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor TFIID 31 kDa subunit / TAFII-31 / TAFII31 / Transcription initiation factor TFIID 32 kDa subunit / TAFII-32 / TAFII32


分子量: 29006.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF9, TAF2G, TAFII31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594
#19: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / STAF28 / Transcription initiation factor TFIID 30 kDa subunit / TAF(II)30 / TAFII-30 / TAFII30


分子量: 21731.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF10, TAF2A, TAF2H, TAFII30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962
#20: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits / TAFII-20/TAFII-15 / TAFII20/TAFII15


分子量: 17948.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF12, TAF15, TAF2J, TAFII20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514
#21: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2 / General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIA-12 / TFIIAS / Transcription ...General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIA-12 / TFIIAS / Transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma


分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52657
#23: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa ...General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa subunit / TFIIA-42


分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52655
#24: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / S300-II


分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase
#28: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta / TFIIE-beta / General transcription factor IIE subunit 2


分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29084
#31: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / 140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription ...140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription initiation factor TFIID 140 kDa subunit / TAF(II)140 / TAF140 / TAFII-140 / TAFII140


分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWG9
#32: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / TFIID subunit p30-beta / Transcription initiation factor TFIID 28 kDa subunit / TAF(II)28 / TAFII-28 / TAFII28


分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF11, TAF2I, PRO2134 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15544
#33: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID 18 kDa subunit / TAF(II)18 / TAFII-18 / TAFII18


分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF13, TAF2K, TAFII18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15543

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General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST

#25: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 1 / General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha ...General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / Transcription initiation factor RAP74


分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35269
#26: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 2 / ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription ...ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit beta / TFIIF-beta / Transcription initiation factor RAP30


分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#29: DNA鎖 DNA (71-MER)


分子量: 22020.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 904033
#30: DNA鎖 DNA (71-MER)


分子量: 21762.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 904033

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DNA-directed RNA ... , 9種, 9分子 opqrstuvw

#34: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase
#35: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase
#36: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#37: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 isoform X1


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481BYI6
#38: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4
#39: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#40: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#41: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#42: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

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非ポリマー , 3種, 18分子

#46: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#47: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#48: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoterCOMPLEX#1-#450MULTIPLE SOURCES
2TFIIDCOMPLEX#11-#20, #22, #31-#331RECOMBINANT
3RNA POLYMERASE IICOMPLEX#34-#451NATURAL
4TFIIACOMPLEX#21, #231RECOMBINANT
5TFIIBCOMPLEX#241RECOMBINANT
6TFIIFCOMPLEX#25-#261RECOMBINANT
7DNA(HDM2 promoters)COMPLEX#29-#301NATURAL
8TFIIHCOMPLEX#1-#101RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Sus scrofa (ブタ)9823
44Homo sapiens (ヒト)9606
55Homo sapiens (ヒト)9606
66Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
22Homo sapiens (ヒト)9606HEK239T
44Homo sapiens (ヒト)9606HEK293T
55Homo sapiens (ヒト)9606HEK293T
66Homo sapiens (ヒト)9606HEK293T
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42939 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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