PDB-7e5a: interferon-inducible anti-viral protein R356A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e5a

タイトル

interferon-inducible anti-viral protein R356A

要素

Guanylate-binding protein 5

キーワード

HYDROLASE / interferon-induced / GTPase / anti-HIV

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / positive regulation of interleukin-18 production / symbiont cell surface / protein localization to Golgi apparatus / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / positive regulation of innate immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cui, W. / Wang, W. / Chen, C. / Slater, B. / Xiong, Y. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for GTP-induced dimerization and antiviral function of guanylate-binding proteins.
著者: Cui, W. / Braun, E. / Wang, W. / Tang, J. / Zheng, Y. / Slater, B. / Li, N. / Chen, C. / Liu, Q. / Wang, B. / Li, X. / Duan, Y. / Xiao, Y. / Ti, R. / Hotter, D. / Ji, X. / Zhang, L. / Cui, J. ...

履歴

登録	2021年2月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e5a.cif.gz	384.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e5a.ent.gz	313.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e5a_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e5a_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	7e5a_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	7e5a_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ckfC 7e58C 7e59C 1f5nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ixs-d 6u38-d 6u36-d 23075 20468 2dub-2 3q0j-d 3ak5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanylate-binding protein 5

B: Guanylate-binding protein 5

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.260, 114.260, 168.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 5 through 158 or resid 165 through 483 or resid 593 through 595))
2	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 5 through 158 or resid 165 through 483 or resid 593 through 595))	A	5 - 158
1	2	1	(chain A and (resid 5 through 158 or resid 165 through 483 or resid 593 through 595))	A	165 - 483
1	3	1	(chain A and (resid 5 through 158 or resid 165 through 483 or resid 593 through 595))	A	593 - 595
2	1	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...	B	5 - 332
2	2	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...	B	333
2	3	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...	B	5 - 484
2	4	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...	B	5 - 484
2	5	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...	B	5 - 484
2	6	1	(chain B and (resid 5 through 332 or (resid 333...	B	5 - 484

#1: タンパク質	Guanylate-binding protein 5 / interferon-induced anti-HIV protein / GBP-TA antigen / GTP-binding protein 5 / GBP-5 / Guanine ...interferon-induced anti-HIV protein / GBP-TA antigen / GTP-binding protein 5 / GBP-5 / Guanine nucleotide-binding protein 5 分子量: 54926.523 Da / 分子数: 2 / 変異: R356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBP5, UNQ2427/PRO4987 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96PP8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム分子量: 83.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: ammonium sulfate, HEPES pH 7.5, polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 44229 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 401695

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	7.9	1.294	2199	0.639	0.455	1.376	0.766	98.6
2.54-2.59	9.4	1.123	2179	0.779	0.369	1.184	0.783	100
2.59-2.64	9.3	0.944	2209	0.816	0.312	0.997	0.804	100
2.64-2.69	9.4	0.797	2182	0.872	0.262	0.841	0.802	99.9
2.69-2.75	9.4	0.672	2244	0.891	0.221	0.709	0.811	100
2.75-2.82	9.2	0.571	2198	0.932	0.188	0.603	0.851	100
2.82-2.89	9.4	0.492	2192	0.935	0.161	0.519	0.848	99.5
2.89-2.96	9.3	0.386	2209	0.96	0.126	0.407	0.903	99.1
2.96-3.05	9.2	0.325	2190	0.97	0.107	0.343	0.95	99
3.05-3.15	8.8	0.255	2233	0.981	0.085	0.269	1.067	99.6
3.15-3.26	7.8	0.222	2199	0.984	0.078	0.236	1.091	99.3
3.26-3.39	9.3	0.181	2212	0.988	0.059	0.191	1.145	99.5
3.39-3.55	9.7	0.15	2200	0.992	0.048	0.158	1.257	99.1
3.55-3.73	9.5	0.128	2218	0.993	0.041	0.135	1.24	98.9
3.73-3.97	9.4	0.118	2208	0.994	0.038	0.124	1.334	98.5
3.97-4.27	9.3	0.101	2190	0.995	0.033	0.106	1.329	97.4
4.27-4.7	8.4	0.087	2172	0.996	0.029	0.092	1.229	96.1
4.7-5.38	9.1	0.083	2219	0.996	0.027	0.087	1.166	97.5
5.38-6.78	9.5	0.082	2266	0.996	0.027	0.087	1.112	98.1
6.78-50	8.2	0.075	2310	0.983	0.028	0.081	1.188	95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1f5n

1f5n

解像度: 2.5→49.48 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2499	2288	5.18 %
R_work	0.2111	41887	-
obs	0.2131	44175	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.36 Å² / B_iso mean: 84.6632 Å² / B_iso min: 40.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7370	0	66	110	7546
B_iso mean	-	-	52.38	61.23	-
残基数	-	-	-	-	936

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4319	X-RAY DIFFRACTION	11.585	TORSIONAL
1	2	B	4319	X-RAY DIFFRACTION	11.585	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.55	0.3575	134	0.3376	2566	2700	97
2.55-2.61	0.3338	141	0.297	2622	2763	100
2.61-2.68	0.3356	169	0.2899	2600	2769	100
2.68-2.75	0.2711	129	0.2732	2620	2749	100
2.75-2.83	0.2958	146	0.2695	2626	2772	100
2.83-2.92	0.3176	144	0.2698	2601	2745	99
2.92-3.03	0.3222	147	0.2704	2588	2735	99
3.03-3.15	0.3108	120	0.2529	2641	2761	99
3.15-3.29	0.2993	125	0.2492	2651	2776	99
3.29-3.46	0.2499	162	0.2303	2615	2777	99
3.46-3.68	0.2999	146	0.2236	2609	2755	99
3.68-3.96	0.2322	169	0.2075	2578	2747	99
3.96-4.36	0.2271	151	0.1827	2580	2731	97
4.36-4.99	0.1872	130	0.1678	2598	2728	97
4.99-6.29	0.2369	122	0.1955	2689	2811	98
6.29-49.48	0.2195	153	0.1729	2703	2856	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.195	0.0356	-0.1813	0.9537	0.0207	0.9621	-0.0929	0.0139	-0.0276	-0.0123	0.0662	0.0243	-0.1038	-0.1875	-0	0.5272	-0.0298	-0.0042	0.4126	-0.0068	0.4165	31.1666	1.1026	9.527
2	0.3688	-0.2113	0.5605	0.1662	0.1679	0.1683	0.0294	0.0722	-0.1032	0.3396	0.0056	-0.2923	-0.4069	0.2641	-0.0002	1.1153	-0.1969	0.1632	0.5445	0.0879	0.9657	48.5696	51.0057	1.469
3	0.1177	-0.1125	-0.2919	0.0107	0.0782	0.3082	-0.4793	0.1153	-0.0273	0.5669	0.5431	-0.2112	0.3885	-0.2263	-0.0003	1.4008	-0.2198	-0.2529	0.7993	0.1318	1.3775	41.0499	91.5068	10.5443
4	0.3419	-0.0697	0.1726	0.0206	-0.0752	0.1514	0.0425	-0.0368	-0.1235	0.1829	0.2593	-0.5272	0.3983	0.3236	0	0.6463	-0.1346	0.0261	0.5881	-0.0563	0.7171	74.2416	5.8408	-3.1855
5	0.3662	0.0245	0.1771	0.4839	-0.1749	0.2358	-0.0478	-0.0613	-0.0221	0.1091	0.1905	-0.2104	0.1148	0.1382	0.0001	0.5766	-0.1246	0.0658	0.395	-0.0469	0.5231	62.8613	-0.7112	-6.3189
6	0.8278	0.0651	-0.0761	0.3488	0.3365	0.7044	-0.0894	0.0704	0.1413	-0.1842	0.116	-0.1528	-0.1976	-0.0827	0	0.6377	-0.1057	0.0217	0.4415	0.0386	0.4821	49.4636	10.6322	-11.0317
7	1.4349	0.1544	-0.2594	0.283	0.2177	1.0394	-0.1076	0.2219	0.0924	-0.1283	0.1334	0.0459	-0.0627	-0.0225	0	0.5847	-0.1339	0.026	0.4074	-0.0085	0.513	55.866	4.9452	-11.3782
8	0.0233	0.0865	0.0246	0.3134	-0.2267	0.2319	0.0844	0.1333	-0.2756	-0.3553	-0.1017	0.0289	-0.4336	-0.269	-0.0002	0.9814	0.0992	-0.0245	0.5358	-0.0627	0.6455	30.5641	40.2634	18.202
9	0.4641	0.6384	0.5543	0.5091	0.2279	-0.2902	-0.364	-0.0262	-0.0075	-0.2797	0.2564	0.7105	-0.156	-0.0602	0	1.4174	0.1612	-0.0919	0.5962	-0.0358	0.7618	28.0647	75.4215	19.0849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 312 )	A	5 - 312
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 313 through 412 )	A	313 - 412
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 413 through 483 )	A	413 - 483
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 36 )	B	5 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 37 through 108 )	B	37 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 109 through 211 )	B	109 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 212 through 312 )	B	212 - 312
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 313 through 373 )	B	313 - 373
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 374 through 484 )	B	374 - 484

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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