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- PDB-3ak5: Hemoglobin protease (Hbp) passenger missing domain-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ak5
タイトルHemoglobin protease (Hbp) passenger missing domain-2
要素Hemoglobin-binding protease hbp
キーワードHYDROLASE / autotransporter / beta helix / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PIC/HAP1/IgA0 second beta-solenoid repeat region / : / Pectate Lyase C-like - #20 / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain ...PIC/HAP1/IgA0 second beta-solenoid repeat region / : / Pectate Lyase C-like - #20 / Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Thrombin, subunit H - #120 / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemoglobin-binding protease hbp autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nishimura, K. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
著者: Nishimura, K. / Yoon, Y.-H. / Kurihara, A. / Unzai, S. / Luirink, J. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2010年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin-binding protease hbp
B: Hemoglobin-binding protease hbp
C: Hemoglobin-binding protease hbp
D: Hemoglobin-binding protease hbp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,0598
ポリマ－414,8994
非ポリマー1604
水26,7521485
1
A: Hemoglobin-binding protease hbp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7652
ポリマ－103,7251
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemoglobin-binding protease hbp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7652
ポリマ－103,7251
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Hemoglobin-binding protease hbp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7652
ポリマ－103,7251
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hemoglobin-binding protease hbp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7652
ポリマ－103,7251
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)292.803, 53.936, 335.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin-binding protease hbp / Hbp Gdel-2 / Hemoglobin-binding protease hbp / Hemoglobin-binding protease hbp translocator / Helper peptide


分子量: 103724.625 Da / 分子数: 4 / 変異: PROTEASE DELETION MUTANT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Domain-2 deleted / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EB1 / 遺伝子: HBP / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: O88093, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE INCLUSIVE DELETION REGION IS RESIDUES 534-607. THESE ARE REPLACED BY A SINGLE GLYCINE RESIDUE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 9% PEG 1000, 10% PEG 8000, 0.1M NaOAc pH 5.0, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 239062 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.69 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Num. unique all: 11129 / % possible all: 71.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WXR

1wxr


解像度: 2.2→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.335 / SU ML: 0.181 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME GEOMETRY ISSUES SHOWN IN REMARK 500 MAY BE CONCERNED WITH ZERO-OCCUPANCY ATOMS. PLEASE SEE REMARK 480 AS WELL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 11985 5 %RANDOM
Rwork0.2255 ---
all0.2282 ---
obs0.2255 227076 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å2-0 Å2-2.3 Å2
2--2.06 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28813 0 4 1485 30302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02229302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9491.93339843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.77753829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.7425.721381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.061154535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.88315114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.24503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02122691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9321.518862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.672230180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.592310440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0564.59662
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 7093 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.410.5
Bmedium positional0.410.5
Cmedium positional0.420.5
Dmedium positional0.40.5
Amedium thermal1.852
Bmedium thermal1.682
Cmedium thermal1.72
Dmedium thermal1.762
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 674 -
Rwork0.302 12259 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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