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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f5n | ||||||
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タイトル | HUMAN GUANYLATE BINDING PROTEIN-1 IN COMPLEX WITH THE GTP ANALOGUE, GMPPNP. | ||||||
要素 | INTERFERON-INDUCED GUANYLATE-BINDING PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GBP / GTP Hydrolysis / GDP / GMP / Interferon Induced / Dynamin related / Large GTPase family. GMPPNP / GPPNHP. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP phosphatase activity / non-canonical inflammasome complex assembly / protein localization to vacuole / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / symbiont cell surface / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / vesicle membrane / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of interleukin-2 production ...GDP phosphatase activity / non-canonical inflammasome complex assembly / protein localization to vacuole / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / symbiont cell surface / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / vesicle membrane / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / spectrin binding / cytokine binding / defense response to protozoan / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to interleukin-1 / regulation of calcium-mediated signaling / G protein activity / lipopolysaccharide binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / GDP binding / Interferon gamma signaling / actin cytoskeleton / cellular response to tumor necrosis factor / actin binding / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / defense response to bacterium / Golgi membrane / innate immune response / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Prakash, B. / Renault, L. / Praefcke, G.J.K. / Herrmann, C. / Wittinghofer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000 タイトル: Triphosphate structure of guanylate-binding protein 1 and implications for nucleotide binding and GTPase mechanism. 著者: Prakash, B. / Renault, L. / Praefcke, G.J. / Herrmann, C. / Wittinghofer, A. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Structure of human Guanylate Binding Protein-1 representing a unique class of GTP binding proteins 著者: Prakash, B. / Praefcke, G.J.K. / Renault, L. / Wittinghofer, A. / Herrmann, C. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Nucleotide-binding Characteristics of Human Guanylate-binding protein 1(hGBP1) and Identification of the Third GTP-binding Motif 著者: Praefcke, G.J.K. / Geyer, M. / Schwemmle, M. / Kalbitzer, H.R. / Herrmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f5n.cif.gz | 138.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f5n.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f5n_validation.pdf.gz | 451.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f5n_full_validation.pdf.gz | 458.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f5n_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f5n_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/1f5n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1dg3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68003.594 Da / 分子数: 1 / 変異: Q507H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PQE9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32455 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15-20% PEG3350, 150-200mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.9903 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9903 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→41.19 Å / Num. all: 67508 / Num. obs: 67508 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.22 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / % possible all: 73.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DG3 with some deletions 解像度: 1.7→41.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 924254.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: as implemented in CNS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.92 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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