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- PDB-7e58: interferon-inducible anti-viral protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+58
タイトルinterferon-inducible anti-viral protein 2
要素Guanylate-binding protein 2
キーワードHYDROLASE / interferon-induced / GTPase / anti-HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / endopeptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity / defense response to protozoan / cellular response to interleukin-1 / protein localization to nucleus / activation of innate immune response / cytoplasmic vesicle membrane ...positive regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / endopeptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity / defense response to protozoan / cellular response to interleukin-1 / protein localization to nucleus / activation of innate immune response / cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to type II interferon / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / cytoplasmic vesicle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guanylate-binding protein, C-terminal / Guanylate-binding protein/Atlastin, C-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylate-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cui, W. / Wang, W. / Chen, C. / Slater, B. / Xiong, Y. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772204 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for GTP-induced dimerization and antiviral function of guanylate-binding proteins.
著者: Cui, W. / Braun, E. / Wang, W. / Tang, J. / Zheng, Y. / Slater, B. / Li, N. / Chen, C. / Liu, Q. / Wang, B. / Li, X. / Duan, Y. / Xiao, Y. / Ti, R. / Hotter, D. / Ji, X. / Zhang, L. / Cui, J. ...著者: Cui, W. / Braun, E. / Wang, W. / Tang, J. / Zheng, Y. / Slater, B. / Li, N. / Chen, C. / Liu, Q. / Wang, B. / Li, X. / Duan, Y. / Xiao, Y. / Ti, R. / Hotter, D. / Ji, X. / Zhang, L. / Cui, J. / Xiong, Y. / Sauter, D. / Wang, Z. / Kirchhoff, F. / Yang, H.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylate-binding protein 2
B: Guanylate-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6462
ポリマ－134,6462
非ポリマー00
水66737
1
A: Guanylate-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3231
ポリマ－67,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Guanylate-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3231
ポリマ－67,3231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.207, 124.161, 355.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 157 or resid 163 through 309 or resid 311 through 583))
21(chain B and (resid 8 through 59 or resid 76...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROSERSER(chain A and (resid 8 through 157 or resid 163 through 309 or resid 311 through 583))AA8 - 1578 - 157
12VALVALCYSCYS(chain A and (resid 8 through 157 or resid 163 through 309 or resid 311 through 583))AA163 - 309163 - 309
13GLUGLUSERSER(chain A and (resid 8 through 157 or resid 163 through 309 or resid 311 through 583))AA311 - 583311 - 583
21PROPROALAALA(chain B and (resid 8 through 59 or resid 76...BB8 - 598 - 59
22LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 8 through 59 or resid 76...BB76 - 10276 - 102
23ASNASNCYSCYS(chain B and (resid 8 through 59 or resid 76...BB109 - 309109 - 309
24GLUGLUSERSER(chain B and (resid 8 through 59 or resid 76...BB311 - 583311 - 583

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要素

#1: タンパク質 Guanylate-binding protein 2 / GTP-binding protein 2 / HuGBP-2 / Guanine nucleotide-binding protein 2 / Interferon-induced ...GTP-binding protein 2 / HuGBP-2 / Guanine nucleotide-binding protein 2 / Interferon-induced guanylate-binding protein 2


分子量: 67322.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32456, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細This sequence corresponds to GenBank AAH73163.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 2-propanol, sodium citrate, tribasic dihydrate pH 5.0, polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→120 Å / Num. obs: 55672 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 414059
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.647.21.32521170.5910.4941.4210.8970.8
2.64-2.697.41.22622360.6610.4511.3120.88975.6
2.69-2.747.51.10923880.7130.4061.1860.87281.5
2.74-2.87.51.02624590.7510.3751.0970.89883.4
2.8-2.867.60.88525710.7990.3210.9450.89685.2
2.86-2.937.60.74626020.8520.2710.7980.92490.5
2.93-37.50.65927570.8730.2420.7050.93292.4
3-3.087.30.53328290.9190.1990.5720.93394.3
3.08-3.176.80.44628700.9360.1740.4810.96298.4
3.17-3.286.60.37828950.9360.1530.410.99895.1
3.28-3.397.50.31428890.9610.1180.3371.01598.7
3.39-3.537.70.24729470.9770.0910.2651.06497.6
3.53-3.697.80.19529060.9820.0720.2091.11297.8
3.69-3.887.60.15929310.9870.0590.171.16695.7
3.88-4.137.50.13829380.990.0520.1481.1799.3
4.13-4.457.20.10629300.9930.040.1141.23296.7
4.45-4.896.30.09129780.9950.0370.0991.27997.4
4.89-5.67.50.09130020.9960.0330.0981.06697.8
5.6-7.067.90.09231120.9950.0340.0991.01799.1
7.06-1208.60.05933150.9980.0210.0631.28399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f5n

1f5n


解像度: 2.6→47.03 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 2779 5.04 %
Rwork0.2546 52339 -
obs0.2555 55118 93.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.85 Å2 / Biso mean: 79.2679 Å2 / Biso min: 35.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8827 0 0 37 8864
Biso mean---56.98 -
残基数----1101
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5285X-RAY DIFFRACTION13.133TORSIONAL
12B5285X-RAY DIFFRACTION13.133TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.640.44921240.38931996212071
2.64-2.690.3863990.36022165226480
2.69-2.740.35691230.35712242236582
2.74-2.80.39031150.37042392250784
2.8-2.860.35731410.36772404254589
2.86-2.930.4041470.36122494264191
2.93-30.42141330.35932601273492
3-3.080.37211490.33312644279397
3.08-3.170.40021280.32162736286497
3.17-3.280.3121280.31132721284996
3.28-3.390.3451400.30682702284299
3.39-3.530.2981620.28832725288796
3.53-3.690.26631480.25652731287999
3.69-3.880.2671530.23792706285996
3.88-4.130.26251190.23712792291199
4.13-4.440.20651340.20472755288997
4.45-4.890.18941580.18632755291397
4.89-5.60.2331660.21932794296098
5.6-7.050.25541540.24972915306999
7.05-47.030.20991580.19573069322799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41680.74180.40364.0414-0.88672.69650.2567-0.25650.05130.3383-0.3168-0.0525-0.41860.25550.05990.7538-0.25560.14940.5690.00630.44729.5484-23.5795-45.441
21.5554-0.218-0.8892.4146-1.67023.333-0.0588-0.1737-0.4935-0.6382-0.3596-0.57470.49060.66460.38321.0018-0.14310.22850.6182-0.00490.695332.0572-33.4366-58.8912
32.47951.3478-0.44411.58820.54771.8486-0.5940.63920.0501-0.02220.33210.4240.4715-0.16170.19051.3031-0.41460.20010.8035-0.0490.43728.333-25.9124-75.8549
40.68541.5173-1.18542.539-2.08491.4759-0.09340.04430.0646-0.02870.09620.25430.1158-0.1602-0.03210.9229-0.22710.14380.6128-0.01060.61519.5427-33.479-44.3549
51.31371.0422-1.88860.8088-1.67434.00910.3902-0.28570.26190.2304-0.00480.1105-0.63050.4594-0.35510.8372-0.11080.17930.5421-0.00350.5632-3.1849-63.96084.8417
60.6860.7818-0.51041.6884-1.08260.6734-0.3410.2086-0.0001-0.58610.37930.00120.4686-0.29690.1270.9562-0.18560.09550.5353-0.04860.64438.8999-59.1556-37.1444
71.64530.34330.54913.12070.79013.8690.02980.070.156-0.56240.2166-0.1561-0.86270.1627-0.13150.4388-0.0390.12060.35060.03120.30711.673941.2285-45.6834
81.62380.48140.05583.34360.57522.88570.1661-0.23070.20140.5644-0.0789-0.0541-0.4131-0.094-0.08520.4615-0.0140.09790.40.05840.3185-3.881336.7787-28.6146
90.22910.1150.15592.081.26881.50750.01930.0164-0.01720.00630.0896-0.1754-0.14510.0176-0.08450.4098-0.05480.0560.41830.02630.36442.141422.8767-50.3614
100.056-0.3864-0.39842.64532.44823.81370.24890.08840.1924-0.2248-0.1928-0.1779-0.44220.1677-0.19380.58720.03050.04420.6223-0.06250.44937.8623-20.019-104.14
110.2423-0.1828-0.05211.96491.71092.5798-0.0760.0013-0.05740.73490.06450.01810.95130.00150.24790.6212-0.16070.08690.47180.04760.4195-3.4835-0.2208-53.7384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 122 )A8 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 181 )A123 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 211 )A182 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 212 through 373 )A212 - 373
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 374 through 481 )A374 - 481
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 482 through 583 )A482 - 583
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 8 through 122 )B8 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 123 through 195 )B123 - 195
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 196 through 412 )B196 - 412
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 413 through 481 )B413 - 481
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 482 through 583 )B482 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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