PDB-7e59: interferon-inducible anti-viral protein truncated

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+59

タイトル

interferon-inducible anti-viral protein truncated

要素

Guanylate-binding protein 5

キーワード

HYDROLASE / interferon-induced / GTPase / anti-HIV

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / symbiont cell surface / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of interleukin-18 production / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / positive regulation of innate immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / endopeptidase inhibitor activity / molecular function inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Cui, W. / Wang, W. / Chen, C. / Slater, B. / Xiong, Y. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for GTP-induced dimerization and antiviral function of guanylate-binding proteins.
著者: Cui, W. / Braun, E. / Wang, W. / Tang, J. / Zheng, Y. / Slater, B. / Li, N. / Chen, C. / Liu, Q. / Wang, B. / Li, X. / Duan, Y. / Xiao, Y. / Ti, R. / Hotter, D. / Ji, X. / Zhang, L. / Cui, J. ...

履歴

登録	2021年2月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e59.cif.gz	668.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e59.ent.gz	559.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ckfC 7e58C 7e5aC 1f5nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yp4-d 6pd6-d 5e34-d 5e32-d 3fwc-2 2yp3-d 3e27-d 6pd5-d 6pd3-d 6kcj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

G: Guanylate-binding protein 5

A: Guanylate-binding protein 5

B: Guanylate-binding protein 5

C: Guanylate-binding protein 5

220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

G: Guanylate-binding protein 5

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Guanylate-binding protein 5

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Guanylate-binding protein 5

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Guanylate-binding protein 5

登録者が定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.874, 137.312, 203.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Guanylate-binding protein 5 / interferon-induced anti-HIV protein / GBP-TA antigen / GTP-binding protein 5 / GBP-5 / Guanine ...interferon-induced anti-HIV protein / GBP-TA antigen / GTP-binding protein 5 / GBP-5 / Guanine nucleotide-binding protein 5 分子量: 54926.523 Da / 分子数: 4 / 変異: R356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBP5, UNQ2427/PRO4987 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96PP8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

#1: タンパク質

Guanylate-binding protein 5 / interferon-induced anti-HIV protein / GBP-TA antigen / GTP-binding protein 5 / GBP-5 / Guanine ...

分子量: 54926.523 Da / 分子数: 4 / 変異: R356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBP5, UNQ2427/PRO4987 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96PP8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Tacsimate pH 5.0, Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 52289 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 475816

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3-3.05	9	1.883	2595	0.592	0.664	1.999	0.913	100
3.05-3.11	8.5	1.642	2539	0.601	0.597	1.75	0.916	100
3.11-3.17	8.3	1.249	2588	0.808	0.459	1.333	0.928	100
3.17-3.23	9.2	1.109	2579	0.827	0.386	1.175	0.941	100
3.23-3.3	9.6	0.924	2559	0.875	0.314	0.977	0.944	100
3.3-3.38	9.6	0.758	2628	0.91	0.259	0.802	0.948	100
3.38-3.46	9.5	0.553	2549	0.938	0.188	0.585	0.985	100
3.46-3.56	9.5	0.492	2580	0.952	0.169	0.521	1.021	100
3.56-3.66	9.5	0.383	2599	0.967	0.132	0.406	1.021	100
3.66-3.78	9.4	0.341	2590	0.973	0.117	0.361	1.059	100
3.78-3.91	9.3	0.263	2597	0.982	0.091	0.279	1.105	100
3.91-4.07	8.5	0.197	2585	0.99	0.071	0.21	1.124	100
4.07-4.26	8.7	0.16	2602	0.993	0.057	0.171	1.184	100
4.26-4.48	9.7	0.119	2622	0.997	0.04	0.125	1.184	100
4.48-4.76	9.6	0.1	2633	0.997	0.034	0.106	1.178	100
4.76-5.13	9.4	0.092	2617	0.997	0.031	0.097	1.138	100
5.13-5.64	9.2	0.092	2633	0.997	0.032	0.097	1.091	100
5.64-6.46	8.3	0.08	2666	0.998	0.029	0.085	0.984	100
6.46-8.13	9.4	0.06	2693	0.999	0.021	0.064	0.95	100
8.13-50	8.1	0.049	2835	0.998	0.018	0.052	0.949	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1f5n

1f5n

解像度: 3→48.23 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	2589	5.01 %
R_work	0.2179	49052	-
obs	0.22	51641	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 258.18 Å² / B_iso mean: 107.8471 Å² / B_iso min: 46.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→48.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13005	0	0	0	13005
残基数	-	-	-	-	1633

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.06	0.4092	130	0.3543	2683	2813	100
3.06-3.12	0.3661	145	0.3345	2705	2850	100
3.12-3.19	0.418	133	0.3293	2672	2805	100
3.19-3.26	0.3717	169	0.3043	2665	2834	100
3.26-3.34	0.2993	136	0.2792	2698	2834	100
3.34-3.43	0.3167	137	0.2502	2709	2846	100
3.43-3.54	0.3191	146	0.2605	2701	2847	100
3.54-3.65	0.3267	149	0.2595	2691	2840	100
3.65-3.78	0.3055	142	0.2589	2696	2838	100
3.78-3.93	0.2843	142	0.2356	2730	2872	100
3.93-4.11	0.2536	143	0.2178	2696	2839	100
4.11-4.33	0.2804	142	0.2055	2728	2870	100
4.33-4.6	0.253	139	0.176	2730	2869	100
4.6-4.95	0.2027	144	0.1685	2743	2887	100
4.95-5.45	0.2215	155	0.1936	2732	2887	100
5.45-6.24	0.2857	161	0.2196	2759	2920	100
6.24-7.85	0.2162	140	0.21	2805	2945	100
7.85-48.23	0.2009	136	0.1892	2909	3045	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1662	1.1458	-0.7545	2.3569	-0.7022	2.7128	-0.1136	-0.1881	0.2446	0.0546	0.0951	-0.1871	-0.0951	0.0026	-0.0244	0.5827	0.0561	0.1146	0.4358	-0.1001	0.6848	-2.6447	-22.5401	15.2605
2	4.6785	3.8255	-3.9797	2.2758	-2.2885	3.5175	-0.0933	0.0936	-0.5659	-0.0834	-0.0914	-0.4201	0.1674	-0.2717	0.1167	0.759	0.0821	0.1409	0.7675	0.2236	0.8858	-36.7021	-68.3865	39.3271
3	5.7148	0.7807	1.3317	7.0354	1.0828	5.1567	-0.263	-0.19	-0.48	-0.2464	0.5611	-0.0086	0.1748	0.3509	-0.1968	0.6126	0.1154	0.0294	0.5596	0.0315	0.6907	-35.0225	-44.2948	16.259
4	5.0857	1.9275	1.1275	5.2211	0.7667	3.3544	-0.2352	-0.3504	-0.3032	-0.442	0.2156	1.1918	0.1731	-0.4429	0.0569	0.6171	0.1101	0.0202	0.4887	0.1269	1.012	-50.45	-45.9051	15.4705
5	2.6903	2.7268	0.5621	3.9589	1.2807	1.4977	-0.0268	-0.1825	0.0697	-0.1868	-0.1624	0.0309	0.0226	-0.0421	0.215	0.6722	0.1702	0.0665	0.7607	-0.085	0.7532	-25.2814	-8.8512	32.0992
6	3.4883	1.362	1.9947	1.0627	0.2513	1.8529	0.5892	-1.071	-0.4163	-0.413	-0.7083	-0.5583	0.6367	-0.4112	-0.0022	0.8552	-0.2256	0.2167	1.1469	-0.0195	0.8792	2.3335	13.3305	45.7185
7	9.731	0.321	-2.4195	2.2179	-1.255	2.308	0.5493	-1.5434	-0.5385	0.3934	-0.1337	0.1875	-0.5441	0.7039	-0.4278	1.1645	-0.3501	-0.1288	1.1838	0.1585	0.892	-45.1145	-9.0802	-7.0697
8	5.5411	0.9622	-0.5503	4.2653	-0.1001	5.5066	0.1085	0.2326	-0.8903	-0.0528	-0.1465	-0.8059	0.2376	0.0738	0.0269	0.7064	-0.1398	0.0189	0.5309	-0.0496	0.9143	-37.3278	-13.251	-25.837
9	0.418	-1.5876	0.1563	7.2628	4.9906	2.5177	-0.1597	-0.1173	-0.0702	-0.1899	-0.0902	0.2496	-0.2816	-0.3912	0.2619	1.13	-0.0005	0.2527	0.6202	0.1056	0.848	-54.8172	20.8953	-3.3711
10	3.8521	-1.9717	-3.8399	7.5384	4.3018	6.6747	0.5943	-0.3804	0.2042	-1.1323	-0.4725	-0.6223	-0.3048	-0.0302	-0.1667	0.758	0.2117	-0.0503	1.1201	-0.0901	0.9383	-69.4147	52.4809	30.6184
11	7.1117	-0.1075	1.2124	5.0581	0.1392	5.5838	0.2033	-0.8605	0.0758	-0.1929	-0.0606	0.0186	-0.1439	-0.4288	-0.0406	0.5062	-0.0736	-0.0418	0.5491	-0.0611	0.6058	-9.8204	-57.0663	-12.6933
12	3.3276	-0.0796	0.4852	3.3928	-0.9844	2.8999	-0.0939	0.5018	0.4927	-0.2562	0.2276	0.5189	-0.186	-0.0257	-0.1586	0.6397	-0.205	-0.1252	0.5614	0.0658	0.7079	-8.8495	-57.3897	-28.2133
13	2.5764	-3.0042	3.6131	3.8022	-5.3261	8.0637	-0.2273	-0.1732	-0.0323	-0.0614	-0.012	0.0489	0.0167	0.1934	0.2641	0.7623	0.0916	-0.1013	0.6389	-0.028	0.8637	11.2869	-105.0133	12.559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'G' and (resid 1 through 309 )	G	1 - 309
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'G' and (resid 310 through 483 )	G	310 - 483
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 90 )	A	1 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 309 )	A	91 - 309
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 310 through 412 )	A	310 - 412
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 413 through 470 )	A	413 - 470
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 36 )	B	4 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 37 through 287 )	B	37 - 287
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 288 through 412 )	B	288 - 412
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 413 through 483 )	B	413 - 483
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 5 through 108 )	C	5 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 109 through 311 )	C	109 - 311
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 312 through 481 )	C	312 - 481

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)