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- PDB-7e2w: Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from Ostreococcus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e2w
タイトルCrystal structure of isocitrate dehydrogenase from Ostreococcus tauri in complex with isocitrate and magnesium(II)
要素Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / isocitrate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / NAD+ metabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / ISOCITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhu, G.P. / Tang, W.G. / Wang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570010 中国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of NAD + -linked isocitrate dehydrogenase from the green alga Ostreococcus tauri and its evolutionary relationship with eukaryotic NADP + -linked homologs.
著者: Tang, W. / Wu, M. / Qin, N. / Liu, L. / Meng, R. / Wang, C. / Wang, P. / Zang, J. / Zhu, G.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年5月19日ID: 6IXU
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
B: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
C: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
D: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,15713
ポリマ－187,2954
非ポリマー8629
水12,484693
1
A: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
B: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1136
ポリマ－93,6472
非ポリマー4664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
D: Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0447
ポリマ－93,6472
非ポリマー3965
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.250, 78.511, 111.056
Angle α, β, γ (deg.)89.150, 103.590, 111.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial / OtIDH


分子量: 46823.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ostreococcus tauri (植物) / 遺伝子: IDH, Ot_13g02940, BE221DRAFT_192402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A096P8D3, isocitrate dehydrogenase (NAD+)

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非ポリマー , 6種, 702分子

#2: 化合物 ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 4000, 10% 2-propanol, 0.1 M sodium citrate (pH 5.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 177015 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Num. unique obs: 26019 / CC1/2: 0.84

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IXL

6ixl


解像度: 1.8→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 8824 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.2095 168180 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.09 Å2 / Biso mean: 29.875 Å2 / Biso min: 14.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.56 Å21.74 Å2
2---0.46 Å20.24 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12288 0 57 693 13038
Biso mean--39.79 34.54 -
残基数----1603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01312600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.64717081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5631.58126737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.58551597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.47121.588655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.21152000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5121591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022914
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 687 -
Rwork0.299 12514 -
all-13201 -
obs--95.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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