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- PDB-6ixt: Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from Ostreococcus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixt
タイトルCrystal structure of isocitrate dehydrogenase from Ostreococcus tauri in complex with NAD+ and Mg2+
要素Isocitrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / isocitrate dehydrogenase NAD+
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / NAD+ metabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial / Isocitrate dehydrogenase (NAD(+)), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Zhu, G.P. / Tang, W.G. / Wang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570010 中国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of NAD + -linked isocitrate dehydrogenase from the green alga Ostreococcus tauri and its evolutionary relationship with eukaryotic NADP + -linked homologs.
著者: Tang, W. / Wu, M. / Qin, N. / Liu, L. / Meng, R. / Wang, C. / Wang, P. / Zang, J. / Zhu, G.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
C: Isocitrate dehydrogenase
D: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,78319
ポリマ－187,2954
非ポリマー2,48815
水20,3391129
1
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,90410
ポリマ－93,6472
非ポリマー1,2568
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area31450 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase
D: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8799
ポリマ－93,6472
非ポリマー1,2327
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area31200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.392, 79.178, 112.097
Angle α, β, γ (deg.)90.27, 102.33, 112.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase


分子量: 46823.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ostreococcus tauri (植物) / 遺伝子: BE221DRAFT_192402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y5IEA9, UniProt: A0A096P8D3*PLUS

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非ポリマー , 5種, 1144分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG8000, 0.1M (NH4)2SO4, and 0.1M MES (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979305 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979305 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→20 Å / Num. obs: 184833 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.78→1.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 2.654 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21638 9201 5 %RANDOM
Rwork0.19042 ---
obs0.19172 175609 93.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.15 Å20.17 Å2
2--0.13 Å20.22 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.78→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12602 0 119 1129 13850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.94817599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.926327781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84851616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04723.355611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.823152119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.82415109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9091.7236476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9091.7236475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5052.588088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5052.588089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1651.8546504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1541.8426472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8882.719464
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.89614.14415537
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.613.81114990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.778→1.824 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 669 -
Rwork0.256 12341 -
obs--90.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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