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- PDB-5lge: Crystal Structure of human IDH1 mutant (R132H) in complex with NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lge
タイトルCrystal Structure of human IDH1 mutant (R132H) in complex with NADP+ and an Inhibitor related to BAY 1436032
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / IDH1 / ALLOSTERIC INHIBITOR / NADP+
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / tertiary granule lumen / peroxisome / NADP binding / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6VN / ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Hars, U. / Korndoerfer, I.P.
引用ジャーナル: Acta Neuropathol. / 年: 2017
タイトル: Pan-mutant IDH1 inhibitor BAY 1436032 for effective treatment of IDH1 mutant astrocytoma in vivo.
著者: Pusch, S. / Krausert, S. / Fischer, V. / Balss, J. / Ott, M. / Schrimpf, D. / Capper, D. / Sahm, F. / Eisel, J. / Beck, A.C. / Jugold, M. / Eichwald, V. / Kaulfuss, S. / Panknin, O. / ...著者: Pusch, S. / Krausert, S. / Fischer, V. / Balss, J. / Ott, M. / Schrimpf, D. / Capper, D. / Sahm, F. / Eisel, J. / Beck, A.C. / Jugold, M. / Eichwald, V. / Kaulfuss, S. / Panknin, O. / Rehwinkel, H. / Zimmermann, K. / Hillig, R.C. / Guenther, J. / Toschi, L. / Neuhaus, R. / Haegebart, A. / Hess-Stumpp, H. / Bauser, M. / Wick, W. / Unterberg, A. / Herold-Mende, C. / Platten, M. / von Deimling, A.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,60114
ポリマ－192,5434
非ポリマー4,05810
水9,206511
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2406
ポリマ－96,2712
非ポリマー1,9684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3618
ポリマ－96,2712
非ポリマー2,0906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area34500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.900, 110.320, 198.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA3 - 4163 - 416
21LEULEUBB3 - 4163 - 416
12LEULEUAA3 - 4163 - 416
22LEULEUCC3 - 4163 - 416
13SERSERAA3 - 4153 - 415
23SERSERDD3 - 4153 - 415
14LEULEUBB3 - 4163 - 416
24LEULEUCC3 - 4163 - 416
15SERSERBB3 - 4153 - 415
25SERSERDD3 - 4153 - 415
16LEULEUCC3 - 4143 - 414
26LEULEUDD3 - 4143 - 414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 48135.684 Da / 分子数: 4 / 変異: R132H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: P10T7-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 521分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-6VN / 2-[(4-propan-2-ylphenyl)amino]-1-[(1~{S},5~{S})-3,3,5-trimethylcyclohexyl]benzimidazole-5-carboxylic acid


分子量: 419.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33N3O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PROTEIN BUFFER: 15 MG/ML. PROTEIN IN 25 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM BETA-ME, COMPLETE PROTEASE INHIBITOR MIXTURE, PH 7.7 RESERVOIR: 100 MM BIS-TRIS, PH 7.0, 200 MM CA-ACETATE, 20.0 %(W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 56625 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KZO

4kzo


解像度: 2.7→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 25.881 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.321 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22977 2839 5 %RANDOM
Rwork0.19546 ---
obs0.19722 53784 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.48 Å2
2---0.43 Å2-0 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12995 0 270 511 13776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01913592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.97118371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3173.00129610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31951640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60624.821616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.938152420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5561557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5324.4216560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5324.4196557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7186.6188183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7186.6188184
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4544.6247032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4544.6247033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5716.87610182
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.96735.60915363
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.8935.5115249
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A485140.08
12B485140.08
21A495100.06
22C495100.06
31A491140.07
32D491140.07
41B495700.07
42C495700.07
51B497040.07
52D497040.07
61C503400.06
62D503400.06
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 209 -
Rwork0.316 3925 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94730.1584-0.35391.67190.32842.4948-0.07-0.2215-0.06140.2503-0.06250.34360.3195-0.4840.13250.0998-0.08350.03550.2443-0.05330.152-26.982-80.44629.314
21.48550.0711-0.03621.95450.10792.56960.0962-0.26510.28190.3495-0.0149-0.3886-0.15060.536-0.08130.135-0.1047-0.09110.2823-0.03720.1709-29.234-115.96227.326
31.3562-0.41260.81361.306-0.34762.70.05150.0060.1058-0.156-0.05660.2205-0.0064-0.58240.00510.07470.0533-0.070.3197-0.04010.1003-24.548-62.85572.279
41.2823-0.1288-0.19691.57460.39931.7045-0.09110.1758-0.0205-0.28120.0079-0.17950.07140.41020.08320.21890.1227-0.02560.28830.04410.1264-26.671-28.15267.381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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