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- PDB-6ajb: Crystal structure of Trypanosoma brucei glycosomal isocitrate deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ajb
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei glycosomal isocitrate dehydrogenase in complex with NADH, alpha-ketoglutarate and ca2+
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma brucei / glycosome / metabolism / isocitrate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / glycosome / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. ...Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. / Harada, S. / Kita, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical characterization of a novel Trypanosoma brucei glycosomal isocitrate dehydrogenase with dual coenzyme specificity (NADP+/NAD+)
著者: Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. / Harada, S. / Kita, K.
履歴
登録2018年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,12613
ポリマ－187,1664
非ポリマー2,9609
水00
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9906
ポリマ－93,5832
非ポリマー1,4074
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area33740 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1367
ポリマ－93,5832
非ポリマー1,5535
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.520, 70.464, 121.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP]


分子量: 46791.590 Da / 分子数: 4 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: ILtat 1.4 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q387G0, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
配列の詳細The sequence was derived from Trypanosome brucei brucei ILtat 1.4. However, the sequence reference ...The sequence was derived from Trypanosome brucei brucei ILtat 1.4. However, the sequence reference available at uniprot at the time of data processing was derived from a different strain TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (STRAIN 927/4 GUTAT10.1) (taxonomy ID 185431).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 6000, 100 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 200mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 39505 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 1842 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AJ6

6aj6


解像度: 2.9→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 57.731 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.569 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28356 1741 5.1 %RANDOM
Rwork0.19178 ---
obs0.19645 32695 81.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å20.25 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13048 0 190 0 13238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01913521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.96618293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.114329526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5251637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40423.499603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.193152380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4181596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7614.2416560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7614.246559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0256.3548193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0256.3558194
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6524.4086961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6524.4086957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8766.52810097
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.07333.26215330
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.07433.2615328
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 40 -
Rwork0.323 765 -
obs--26.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29770.01350.27030.1249-0.18380.8702-0.18350.01980.0281-0.0290.0445-0.0243-0.0284-0.06140.1390.1497-0.03190.00290.1199-0.03220.072845.6604-15.17830.7158
20.0974-0.07870.15350.60490.33050.65370.0489-0.01810.0516-0.0031-0.0714-0.11280.0624-0.04570.02250.0547-0.08750.03990.1865-0.0630.10265.8138-38.158150.1878
30.2253-0.21160.37830.292-0.23950.80460.0375-0.1502-0.017-0.02620.1474-0.08490.1411-0.2646-0.18490.0623-0.091-0.05130.23230.02050.125126.003115.3187-1.6166
40.48840.21020.26870.3998-0.14750.4932-0.0939-0.0729-0.0143-0.09290.0519-0.14080.0076-0.26740.0420.0667-0.02180.00330.24760.0170.101213.587436.812-24.8563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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