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- PDB-7dvr: Crystal structure of heme sensor protein PefR from Streptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvr
タイトルCrystal structure of heme sensor protein PefR from Streptococcus agalactiae in complex with heme
要素HTH marR-type domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / heme-binding / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HTH marR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae serotype III
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
Model detailsheme sensor protein
データ登録者Nishinaga, M. / Nagai, S. / Nishitani, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Sawai, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP26220807 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02396 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18K05321 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival.
著者: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH marR-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4933
ポリマ－17,8181
非ポリマー6752
水66737
1
A: HTH marR-type domain-containing protein
ヘテロ分子

A: HTH marR-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9876
ポリマ－35,6362
非ポリマー1,3514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area5920 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.899, 32.149, 76.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HTH marR-type domain-containing protein


分子量: 17817.852 Da / 分子数: 1 / 断片: heme sensor protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serotype III (strain NEM316) (バクテリア)
株: NEM316 / 遺伝子: gbs1402 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8E4J9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35%(v/v) MPD, 0.2 M KCl, 50 mM hexamine cobalt(III) chloride, 50 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.13 Å / Num. obs: 18070 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.591 % / Biso Wilson estimate: 51.157 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 16.27 / Num. measured all: 119107
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.86.9890.9541.4719890298128460.8531.0395.5
1.8-1.936.7780.3753.618157277726790.9760.40696.5
1.93-2.086.8370.1768.0317244260825220.9950.1996.7
2.08-2.286.9040.10714.8516169240823420.9960.11697.3
2.28-2.546.4060.07321.6713683218721360.9970.07997.7
2.54-2.936.2950.05728.412011195019080.9980.06297.8
2.93-3.585.9930.0532.79553162215940.9980.05598.3
3.58-5.036.0820.04335.47773129612780.9980.04798.6
5.03-29.136.0480.04635.6646277857650.9980.0597.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength111.7385-4
3 wavelength121.73853-8
3 wavelength131.723.5-1
Phasing MAD set siteAtom type symbol: Fe / B iso: 12.836 / Fract x: 0.037 / Fract y: 0 / Fract z: 0.177 / Occupancy: 0.511
Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.67 / 反射: 3804 / Reflection acentric: 3336 / Reflection centric: 468
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.9-19.590.930.940.9219613759
4.9-7.90.830.850.7260450599
3.9-4.90.860.880.7573463797
3.5-3.90.780.790.6871764176
3-3.50.590.60.511921092100
2.8-30.410.410.436132437

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEJun 1, 2017データスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJun 1, 2017データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.3196 / WRfactor Rwork: 0.2751 / FOM work R set: 0.6971 / SU B: 9.635 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.1361 / SU Rfree: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 882 4.9 %RANDOM
Rwork0.2366 ---
obs0.2386 17175 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.55 Å2 / Biso mean: 50.487 Å2 / Biso min: 33.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0 Å2-1.32 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1196 0 44 37 1277
Biso mean--65.35 55.04 -
残基数----147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0131287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9481.7121742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4661.6172917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9735152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70322.62361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.78115263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.646157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02258
LS精密化 シェル解像度: 1.704→1.748 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 63 -
Rwork0.531 1213 -
all-1276 -
obs--94.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4396-0.02732.60470.0843-0.70718.5747-0.1008-0.12710.09980.02440.00210.0136-0.119-0.31430.09860.22510.0144-0.0010.1733-0.02080.333320.19197.379871.0601
20.5381-0.0355-0.74680.1552-0.44522.7172-0.0147-0.21550.00450.0461-0.0591-0.0167-0.14780.33640.07380.01630.00880.01340.51240.03120.292936.09394.152951.0913
33.5995-2.0190.03971.32420.53341.8629-0.0748-0.0947-0.13880.0132-0.01940.0462-0.0670.0530.09410.01240.00410.05240.39230.07460.345333.6187-2.766843.7417
40.3738-1.065-1.3223.35694.40877.2892-0.06470.17710.03330.1776-0.2133-0.022-0.2676-0.10380.2780.2022-0.0297-0.03850.35920.02430.281820.003714.923556.8895
54.7113-1.09023.94433.6071-3.40515.7936-0.10680.6272-0.298-0.1352-0.1818-0.2741-0.06880.80320.28860.4537-0.0945-0.02440.20980.00690.371935.907420.711375.1811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3A71 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4A101 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5A122 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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