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Yorodumi- PDB-7dvu: Crystal structure of heme sensor protein PefR in complex with hem... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dvu | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of heme sensor protein PefR in complex with heme and cyanide | ||||||||||||
Components | HTH marR-type domain-containing protein | ||||||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / heme-binding / helix-turn-helix | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Streptococcus agalactiae serotype III | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||||||||
Model details | heme sensor protein | ||||||||||||
Authors | Nishinaga, M. / Nagai, S. / Nishitani, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2021 Title: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival. Authors: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dvu.cif.gz | 78.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dvu.ent.gz | 57.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dvu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dvu_validation.pdf.gz | 774.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7dvu_full_validation.pdf.gz | 776.4 KB | Display | |
Data in XML | 7dvu_validation.xml.gz | 8.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7dvu_validation.cif.gz | 10.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7dvrSC 7dvsC 7dvtC 7dvvC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17817.852 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: heme sensor protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus agalactiae serotype III (strain NEM316) (bacteria) Strain: NEM316 / Gene: gbs1402 / Plasmid: pET-22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8E4J9 |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-CYN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 12%(w/v) PEG8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 16, 2018 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→38.46 Å / Num. obs: 19032 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.438 % / Biso Wilson estimate: 62.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 14.36 / Num. measured all: 122519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7DVR Resolution: 2.1→38.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 16.081 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.2504 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.212 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.72 Å2 / Biso mean: 68.901 Å2 / Biso min: 37.88 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→38.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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