[日本語] English
万見
- PDB-3ilm: Crystal Structure of the Alr3790 protein from Anabaena sp. Northe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ilm
タイトルCrystal Structure of the Alr3790 protein from Anabaena sp. Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR437h
要素Alr3790 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Alr3790 / Rhodanese-like / NsR437h / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alr3790 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.262 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Chen, Y. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Alr3790 protein from Anabaena sp.
著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alr3790 protein
B: Alr3790 protein
C: Alr3790 protein
D: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8829
ポリマ－63,6074
非ポリマー2755
水2,684149
1
A: Alr3790 protein
B: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9144
ポリマ－31,8042
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
2
C: Alr3790 protein
D: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9695
ポリマ－31,8042
非ポリマー1653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.694, 77.293, 156.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Alr3790 protein


分子量: 15901.864 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 20-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q8YQN0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under parafin oil / pH: 6
詳細: 20% PEG 1000, 0.1M manganese chloride, 0.1M MES, pH 6.0, microbatch under parafin oil, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月4日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 46780 / Num. obs: 46546 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 36.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.35 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4660 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SnB位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.262→41.195 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 2372 5.1 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.2327 46479 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.734 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.0511 Å20 Å2-0 Å2
2--26.5038 Å2-0 Å2
3----14.4527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.262→41.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3714 0 5 149 3868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4415105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.481349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.262-2.30810.32861320.32482425X-RAY DIFFRACTION95
2.3081-2.35830.34081530.31392567X-RAY DIFFRACTION98
2.3583-2.41320.35071270.30892598X-RAY DIFFRACTION99
2.4132-2.47350.31911200.29632581X-RAY DIFFRACTION99
2.4735-2.54040.26941340.2892625X-RAY DIFFRACTION99
2.5404-2.61510.30621370.26522617X-RAY DIFFRACTION100
2.6151-2.69950.27911440.25992606X-RAY DIFFRACTION100
2.6995-2.7960.32491370.2482602X-RAY DIFFRACTION100
2.796-2.90790.26781310.2612640X-RAY DIFFRACTION100
2.9079-3.04020.31671500.2562625X-RAY DIFFRACTION100
3.0402-3.20040.35191400.2562565X-RAY DIFFRACTION100
3.2004-3.40090.27121310.23132635X-RAY DIFFRACTION100
3.4009-3.66330.19911400.20772602X-RAY DIFFRACTION100
3.6633-4.03170.19111570.17982582X-RAY DIFFRACTION100
4.0317-4.61440.16531520.16362626X-RAY DIFFRACTION100
4.6144-5.8110.18911580.1792586X-RAY DIFFRACTION100
5.811-41.20170.20441290.23422625X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67350.26150.23651.2049-0.81581.1712-0.0460.00920.03230.06230.014-0.06870.12210.0066-00.06580.0115-0.00220.0626-0.04680.095828.842428.841273.8941
20.626-0.745-0.17440.1384-0.59871.3943-0.0257-0.090.06090.02180.016-0.0726-0.1320.100900.1655-0.0086-0.01060.1818-0.0390.187125.666940.07553.4853
30.366-1.059-0.11831.4983-0.89371.022-0.06630.12980.0010.1028-0.0231-0.00520.0828-0.4235-00.137-0.02880.0040.2674-0.05020.148620.674147.7308110.3494
40.0686-0.4812-0.67261.61590.34231.1709-0.0243-0.0092-0.0059-0.0720.05920.0276-0.01510.4707-00.17230.0474-0.00350.2178-0.04970.135437.531649.601693.1377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA20 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB20 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC20 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD20 - 156

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る