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Yorodumi- PDB-7dvt: Crystal structure of heme sensor protein PefR in complex with hem... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dvt | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of heme sensor protein PefR in complex with heme and carbon monoxide | ||||||||||||
Components | HTH marR-type domain-containing protein | ||||||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / heme-binding / helix-turn-helix | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Streptococcus agalactiae serotype III | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.09 Å | ||||||||||||
Model details | heme sensor protein | ||||||||||||
Authors | Nishinaga, M. / Nagai, S. / Nishitani, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2021 Title: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival. Authors: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dvt.cif.gz | 80.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dvt.ent.gz | 58.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dvt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7dvrSC 7dvsC 7dvuC 7dvvC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17817.852 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: heme sensor protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus agalactiae serotype III (strain NEM316) (bacteria) Strain: NEM316 / Gene: gbs1402 / Plasmid: pET-22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8E4J9 |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-CMO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: batch mode / pH: 7 / Details: 24%(v/v) MPD, 5%(w/v) PEG400, 0.05 M BIS-TRIS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2018 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→38.22 Å / Num. obs: 18536 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.535 % / Biso Wilson estimate: 63.768 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.125 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 65516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7DVR Resolution: 2.09→38.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 18.432 / SU ML: 0.224 / SU R Cruickshank DPI: 0.2607 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.224 / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 146.26 Å2 / Biso mean: 72.771 Å2 / Biso min: 37.79 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.09→38.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.095→2.149 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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