PDB-4bkm: Crystal structure of the murine AUM (phosphoglycolate phosphatase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bkm

タイトル

Crystal structure of the murine AUM (phosphoglycolate phosphatase) capping domain as a fusion protein with the catalytic core domain of murine chronophin (pyridoxal phosphate phosphatase)

要素

PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / HAD FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol-1-phosphatase / sn-glycerol 3-phosphatase activity / sn-glycerol 1-phosphatase activity / pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / glycerophospholipid metabolic process / contractile ring / ADP phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Knobloch, G. / Seifried, A. / Gohla, A. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Evolutionary and Structural Analyses of the Mammalian Haloacid Dehalogenase-Type Phosphatases Aum and Chronophin Provide Insight Into the Basis of Their Different Substrate Specificities.
著者: Seifried, A. / Knobloch, G. / Duraphe, P.S. / Segerer, G. / Manhard, J. / Schindelin, H. / Schultz, J. / Gohla, A.

履歴

登録	2013年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 2.0	2017年6月28日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.type
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bkm.cif.gz	680.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bkm.ent.gz	578.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bkm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/4bkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/4bkm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2oycS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kz4-d 1iel-d 6dpy-d 1fcm-d 4jxv-d 3cx6-d 1l0f-d 4e3o-d 7kyl-2 1ll9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

B: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

C: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

D: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
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1

C: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

D: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

B: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.500, 91.960, 105.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE, PHOSPHOGLYCOLATE PHOSPHATASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE / CAC - CHRONOPHIN AUM HYBRID PHOSPHATASE / PLP PHOSPHATASE / CHRONOPHIN / PGP / PGPASE 分子量: 33462.426 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-100,114-233,208-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P60487, UniProt: Q8CHP8, phosphoserine phosphatase, pyridoxal phosphatase, phosphoglycolate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	HYBRID SEQUENCE FROM ENTRIES P60487 AND Q8CHP8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: MOTHER LIQUOR: 15% PEG 3350, 0.2 M MG(NO3)2. PROTEIN BUFFER: 10 MM TRIETHANOLAMINE PH 7.4, 0.1 M NACL, 1 MM MGCL2 PROTEIN CONCENTRATION: 10 MG/ML

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月14日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→41.74 Å / Num. obs: 36245 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 49.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OYC

2oyc

解像度: 2.65→41.737 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	1830	5.1 %
R_work	0.1976	-	-
obs	0.2006	36013	95.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9236	0	12	202	9450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9414
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.833	12766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.539	3492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1694

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6501-2.7217	0.329	143	0.2878	2583	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7217-2.8018	0.3245	156	0.2617	2553	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8018-2.8922	0.3404	144	0.2453	2578	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8922-2.9955	0.2702	125	0.2325	2626	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9955-3.1154	0.3549	167	0.235	2572	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1154-3.2571	0.2998	137	0.2259	2637	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2571-3.4288	0.2861	118	0.2108	2633	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4288-3.6435	0.2554	122	0.1923	2653	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6435-3.9246	0.2703	147	0.1923	2650	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9246-4.3192	0.2412	143	0.1693	2655	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3192-4.9434	0.2151	145	0.1584	2656	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9434-6.2248	0.2297	152	0.1907	2705	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2248-41.7418	0.2034	131	0.1881	2682	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9819	-3.6285	-3.8639	8.9062	3.2235	6.4505	1.0012	1.0492	0.8926	-0.5254	-0.0455	0.0551	-2.0758	0.4358	-0.8413	0.9078	0.0491	0.27	1.0199	0.0802	0.7	-2.0214	19.8481	-46.7373
2	3.2651	-2.4035	-1.509	4.6348	-0.3582	2.1896	0.4258	0.9201	-0.2496	-0.7361	-0.4791	0.5488	0.3598	0.3253	0.1377	0.6859	0.1718	-0.0724	0.9493	-0.2068	0.6349	-1.9831	1.8791	-44.6619
3	7.6507	-1.1006	5.402	6.4628	0.4821	6.3114	0.1445	0.161	-0.3902	-0.9161	-0.8153	0.6472	1.2818	-0.0546	0.671	0.8486	0.4246	0.136	1.2034	-0.4747	0.7191	1.2708	-6.4035	-43.5722
4	1.4575	-0.0936	-0.182	1.8727	-2.5242	6.3663	0.213	0.0599	-0.0265	-0.0225	-0.0869	-0.1175	0.1044	1.0673	-0.1127	0.4678	0.0354	0.0411	0.7373	-0.1811	0.4703	0.8352	2.5456	-25.0743
5	9.8439	4.7487	-0.165	6.8666	3.6767	6.0457	0.0136	-0.3618	0.807	-0.1155	0.013	-0.0531	-1.5231	0.4486	-0.0906	0.9743	-0.1451	-0.0032	1.002	-0.0673	0.7089	-12.4773	18.1642	20.2821
6	4.3066	-0.8585	-1.6848	7.3267	4.2889	8.1009	-0.258	-0.8539	-0.4469	1.0923	0.2286	-0.3783	1.4718	0.1986	0.0461	0.8787	-0.1012	-0.05	1.0845	0.2206	0.5665	-16.1585	-2.0626	17.7124
7	0.6277	1.4088	0.6968	3.0262	1.7032	8.8712	0.0807	-1.1225	0.282	0.6402	-0.2201	0.508	-0.42	-2.2639	-0.2149	0.6599	-0.017	0.0937	1.2617	-0.072	0.5903	-26.9703	0.0199	4.3789
8	4.5216	-0.2485	-0.0857	3.0824	0.9112	7.0097	0.2812	-0.1306	-0.501	-0.1612	-0.0689	0.5297	0.9177	-1.1606	-0.1125	0.5935	-0.1604	-0.0668	0.6768	0.0656	0.5207	-21.3459	-8.1483	-12.5799
9	8.5637	-0.978	7.4897	5.8109	1.1915	8.3795	-0.1727	-0.6731	-0.1498	0.4024	0.6236	-0.4025	0.1927	0.4569	-0.4105	0.3915	0.081	0.0549	0.7564	-0.0262	0.4355	-6.8974	-0.8256	-4.2232
10	6.0695	-0.4242	-2.9035	6.1301	5.7979	7.9289	0.3863	-0.6781	0.2991	-0.1156	-0.3231	0.7652	-0.959	-1.5341	-0.2048	0.5612	0.0642	0.017	0.8773	0.055	0.5818	-21.5525	7.163	-2.5236
11	8.2491	-2.5335	1.1639	5.951	1.9141	2.1685	0.4089	-0.6219	0.2284	-0.2304	-0.4488	-0.0489	-0.4531	-0.0705	0.1255	0.686	-0.0832	0.1096	0.9231	0.0551	0.4258	-17.6887	11.9727	9.414
12	2.5978	0.5357	-3.5403	8.852	-0.323	5.1765	0.4021	-1.2769	0.1642	0.0506	0.1324	-1.1281	-0.8138	1.4685	-0.4403	0.5931	-0.2505	-0.0635	1.2041	-0.0678	0.7191	-5.8795	14.1501	13.1629
13	7.7864	1.5011	2.1244	8.9418	-0.8214	9.0777	0.5845	-0.9044	-0.4815	0.6028	-0.2856	0.6556	-0.0544	-1.0251	-0.2905	0.4706	-0.0707	0.0366	0.9286	0.0521	0.5749	-21.3776	32.0248	-6.2789
14	5.3046	-0.9936	2.943	8.91	-7.361	6.9578	-0.0293	-0.1668	0.2524	0.0603	0.0679	0.155	-0.1697	-0.3893	0.0276	0.6659	-0.0617	0.0123	0.8947	-0.0598	0.4839	-15.1299	40.9596	-14.2631
15	3.7065	0.2431	-3.3253	2.8119	1.5358	4.1858	-0.5362	-0.3696	0.9089	0.9783	-0.263	0.2524	-1.7774	-0.6459	0.7034	1.2496	0.0142	-0.0477	0.9844	-0.0767	0.7025	-16.0973	49.4774	-9.5486
16	4.1428	-1.7105	1.1249	6.0736	-1.9739	8.0334	0.1636	0.3924	-0.0555	0.0023	-0.0557	-0.5571	-0.3974	1.8439	-0.0213	0.6035	-0.1222	0.0342	1.0545	-0.0811	0.5188	-6.3209	47.1853	-27.7157
17	4.1013	3.2278	0.1827	3.4337	-1.4446	7.9548	0.0315	0.9318	0.2875	-0.1622	0.0238	-0.1919	-1.4533	1.2116	-0.0229	0.7788	-0.0626	0.1336	0.9222	-0.0096	0.4707	-16.1326	54.3873	-42.6055
18	4.781	0.9844	2.1047	4.763	-1.8535	6.3058	0.0316	0.1105	0.1386	-0.1185	0.4729	-0.0002	-0.15	0.4529	-0.4712	0.4642	-0.0151	0.0845	0.7612	-0.0102	0.4443	-20.1064	44.5454	-36.1479
19	4.018	-1.3417	2.4811	4.7375	-4.2127	4.3673	0.5607	0.6824	-0.3291	-0.338	-0.0767	-0.2151	0.0422	1.292	-0.5566	0.5845	0.1116	0.0723	0.8789	-0.0702	0.5305	-12.1448	35.3085	-28.9105
20	7.1829	1.6039	1.0656	6.4033	-0.4644	8.2048	0.5773	-0.0422	-0.5896	0.2757	-0.159	0.6361	0.5502	-1.0292	-0.3898	0.5265	-0.0058	-0.0896	0.7557	0.0105	0.5664	-21.1176	28.4992	-16.7738
21	3.0955	1.9424	5.1626	6.126	1.4548	9.3696	0.5023	-1.4571	-0.9796	0.2916	0.0759	0.4559	0.506	-1.2817	-0.7151	0.6933	-0.101	-0.052	1.2851	0.1054	0.9661	-24.8785	25.9074	-10.6089
22	4.505	-1.2056	1.9831	5.463	3.2297	8.2341	-0.0328	0.5247	-0.1476	-0.8552	0.2712	-0.2471	-0.536	1.3092	-0.2742	0.6913	-0.0546	0.0249	1.0743	0.0543	0.5299	-30.9972	34.2567	-71.5287
23	3.3006	-0.0442	-4.2259	6.9324	-4.4553	8.4166	-0.3253	0.4678	0.2702	-0.9634	-0.3165	-0.5659	-2.4284	0.7194	0.4455	1.6439	-0.1171	-0.043	1.1507	0.1736	0.5804	-35.1929	49.2041	-69.7882
24	1.868	0.5859	-2.1247	4.5072	0.5692	2.7509	0.0656	0.1718	-0.8646	-0.6771	-0.5274	0.4892	-0.6664	-1.2448	0.159	0.7119	0.0578	-0.0647	1.0116	0.0687	0.5935	-44.064	42.2289	-57.4411
25	7.2671	3.939	1.4336	6.2278	1.5217	7.0739	0.2918	-0.7394	0.852	-0.0364	-0.3072	1.2419	-0.743	-1.8893	-0.0254	0.7353	0.3838	0.0599	1.044	0.0189	0.7421	-45.5118	50.2812	-48.0107
26	0.5864	-1.0822	0.8093	2.2881	-0.263	8.2352	-0.243	-0.4289	0.8781	-0.1027	0.0668	0.0896	-1.3027	-1.1529	0.3552	1.0181	0.245	0.1281	0.9658	-0.0386	0.6744	-35.8161	56.5267	-33.0312
27	3.7775	-0.6863	4.1629	4.7981	1.6659	6.1983	0.0004	0.0418	0.0204	-0.0359	0.2375	0.0492	-0.2045	-0.3846	-0.2454	0.4166	0.0368	0.044	0.6015	0.0389	0.4118	-31.1234	45.3145	-43.5485
28	2.1979	3.4108	2.2801	6.6512	6.529	9.1707	0.4973	-0.6678	-0.2491	0.2256	-0.1003	0.4245	0.8156	-0.9907	-0.2006	0.4687	-0.0686	0.001	0.881	0.2101	0.6081	-39.6401	34.883	-51.378
29	2.3402	-4.165	-0.5109	8.7382	-0.6582	2.1559	-0.5492	-1.3885	-0.8113	0.0663	-0.0821	-0.0179	0.5525	1.1939	0.3908	0.6223	0.0762	0.0529	0.9172	0.1359	0.61	-33.9182	29.2267	-62.2373
30	4.411	1.4788	0.0745	8.8434	1.3424	5.386	0.083	0.05	0.1492	0.2828	0.4603	-1.1465	0.5052	2.0431	-0.3996	0.7231	0.2344	0.0174	1.8527	-0.1449	0.708	-21.6269	27.1109	-62.9138
31	6.3056	-1.49	2.0002	6.2283	-0.6692	7.17	0.0232	0.061	-0.7306	-0.1174	0.7066	-0.1465	0.3702	2.1204	-0.3714	0.6561	0.0782	0.0651	1.2857	-0.0566	0.6439	-25.2625	26.1007	-68.6347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 26 THROUGH 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 65 THROUGH 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 82 THROUGH 303 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 0 THROUGH 25 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 26 THROUGH 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 82 THROUGH 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 100 THROUGH 189 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 190 THROUGH 213 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 214 THROUGH 232 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 233 THROUGH 259 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 260 THROUGH 303 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 0 THROUGH 49 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 50 THROUGH 64 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 65 THROUGH 81 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 82 THROUGH 128 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 129 THROUGH 164 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESID 165 THROUGH 213 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESID 214 THROUGH 232 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESID 233 THROUGH 282 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESID 283 THROUGH 303 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESID 0 THROUGH 64 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESID 65 THROUGH 81 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESID 82 THROUGH 99 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESID 100 THROUGH 128 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESID 129 THROUGH 153 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN D AND (RESID 154 THROUGH 213 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESID 214 THROUGH 234 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND (RESID 235 THROUGH 259 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN D AND (RESID 260 THROUGH 282 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN D AND (RESID 283 THROUGH 303 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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