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- PDB-1iel: Crystal Structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iel
タイトルCrystal Structure of AmpC beta-lactamase from E. coli in Complex with Ceftazidime
要素beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / cephalosporinase / beta-lactamase / serine hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACYLATED CEFTAZIDIME / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Powers, R.A. / Caselli, E. / Focia, P.J. / Prati, F. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structures of ceftazidime and its transition-state analogue in complex with AmpC beta-lactamase: implications for resistance mutations and inhibitor design.
著者: Powers, R.A. / Caselli, E. / Focia, P.J. / Prati, F. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2001年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2105
ポリマ－79,1762
非ポリマー1,0343
水4,990277
1
A: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1523
ポリマ－39,5881
非ポリマー5642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0572
ポリマ－39,5881
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.490, 77.040, 98.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase / AmpC beta-lactamase / cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: p0G0295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CAZ / ACYLATED CEFTAZIDIME


分子量: 469.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O7S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 1.7M potassium phosphate, 95uM AmpC, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding, Usher, K.C., (1998) Biochemistry, 37, 16082.
PH range low: 8.7 / PH range high: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Msodium potassium phosphate1reservoir
210 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 46338 / Num. obs: 152381 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 46338 / Num. measured all: 152381
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FSY

1fsy


解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2167 -random
Rwork0.182 ---
all-42951 --
obs-42951 79.9 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 67 277 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.246 268
Rwork0.189 -
obs-5382
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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