[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6ka5: Crystal structure of a class C beta-lactamase in complex with cef... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ka5 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a class C beta-lactamase in complex with cefoxitin | |||||||||
Components | Beta-lactamase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Class C-lactamase / Acyl-enzyme complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.59 Å | |||||||||
Authors | Bae, D.W. / Jung, Y.E. / An, Y.J. / Na, J.H. / Cha, S.S. | |||||||||
Funding support | 1items
| |||||||||
Citation | Journal: Antimicrob.Agents Chemother. / Year: 2019 Title: Structural Insights into Catalytic Relevances of Substrate Poses in ACC-1. Authors: Bae, D.W. / Jung, Y.E. / An, Y.J. / Na, J.H. / Cha, S.S. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ka5.cif.gz | 115.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ka5.ent.gz | 68.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ka5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ka5_validation.pdf.gz | 802.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ka5_full_validation.pdf.gz | 803 KB | Display | |
Data in XML | 6ka5_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6ka5_validation.cif.gz | 29.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6ka5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6ka5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6k8xC 6k9tC 6kbyC 3ixhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 40713.316 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: bla-ACC-1, acc-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9XB24, beta-lactamase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-1S7 / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.4 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: microbatch Details: 0.1M sodium cacodylate pH 5.5 0.2M sodium chloride 35% polyethylene glycol 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 28, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.586→50 Å / Num. obs: 52020 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 10.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 4.073 / Net I/σ(I): 20.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3IXH Resolution: 1.59→41.21 Å / SU ML: 0.1517 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / Phase error: 17.9439 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.59→41.21 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|