[日本語] English
万見
- PDB-7kyl: Powassan virus Envelope protein DIII in complex with neutralizing... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kyl
タイトルPowassan virus Envelope protein DIII in complex with neutralizing Fab POWV-80
要素
  • Envelope protein domain III
  • POWV-80 Fab heavy chain
  • POWV-80 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / Tick-borne flavivirus / domain III / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain ...Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Powassan virus (ポワッサンウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Errico, J.M. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: Broadly neutralizing monoclonal antibodies protect against multiple tick-borne flaviviruses.
著者: VanBlargan, L.A. / Errico, J.M. / Kafai, N.M. / Burgomaster, K.E. / Jethva, P.N. / Broeckel, R.M. / Meade-White, K. / Nelson, C.A. / Himansu, S. / Wang, D. / Handley, S.A. / Gross, M.L. / ...著者: VanBlargan, L.A. / Errico, J.M. / Kafai, N.M. / Burgomaster, K.E. / Jethva, P.N. / Broeckel, R.M. / Meade-White, K. / Nelson, C.A. / Himansu, S. / Wang, D. / Handley, S.A. / Gross, M.L. / Best, S.M. / Pierson, T.C. / Fremont, D.H. / Diamond, M.S.
履歴
登録2020年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: POWV-80 Fab heavy chain
L: POWV-80 Fab light chain
E: Envelope protein domain III
X: POWV-80 Fab heavy chain
Y: POWV-80 Fab light chain
Z: Envelope protein domain III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8778
ポリマ－118,8196
非ポリマー582
水19,6001088
1
H: POWV-80 Fab heavy chain
L: POWV-80 Fab light chain
E: Envelope protein domain III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4324
ポリマ－59,4093
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: POWV-80 Fab heavy chain
Y: POWV-80 Fab light chain
Z: Envelope protein domain III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4454
ポリマ－59,4093
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.154, 62.557, 141.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EZ

#3: タンパク質 Envelope protein domain III


分子量: 11315.041 Da / 分子数: 2 / Fragment: Domain III of E protein, UNP residues 576-677 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Powassan virus (ポワッサンウイルス)
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91LY1

-
抗体 , 2種, 4分子 HXLY

#1: 抗体 POWV-80 Fab heavy chain


分子量: 24806.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 POWV-80 Fab light chain


分子量: 23287.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 1090分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
解説: Flat triangles or squares - dataset collected on a square
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.16M ammonium sulfate, 0.08M sodium acetate, 20% w/v glycerol, 16% w/v PEG 4000
Temp details: 20c

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Vapor phase liquid N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.73 Å / Num. obs: 93018 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 666279 / Scaling rejects: 652
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Num. measured all: 45594 / Num. unique obs: 6840 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.222 / Rrim(I) all: 0.577 / Net I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVB, 3UO1

1svb

3uo1


解像度: 2→46.67 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1082 1.16 %
Rwork0.19 91892 -
obs0.191 92974 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.5 Å2 / Biso mean: 33.89 Å2 / Biso min: 15.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8202 0 2 1088 9292
Biso mean--50.38 40.68 -
残基数----1068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.090.27331370.24481141711554
2.09-2.20.28291320.2291141511547
2.2-2.340.26011350.22491142511560
2.34-2.520.29151340.22781145811592
2.52-2.770.28261360.22451141511551
2.77-3.170.2271350.20281151711652
3.17-40.19391350.16461152711662
4-46.670.1731380.15181171811856
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.5333 Å / Origin y: 10.9902 Å / Origin z: -30.6259 Å
111213212223313233
T0.1125 Å2-0.0018 Å20.0271 Å2-0.2075 Å20.0276 Å2--0.2748 Å2
L0.283 °20.1422 °20.0102 °2-0.5817 °20.0473 °2--0.0943 °2
S-0.0148 Å °0.0102 Å °0.0284 Å °0.0038 Å °0.0331 Å °0.033 Å °0.0024 Å °0.0043 Å °-0.0176 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLH3 - 230
2X-RAY DIFFRACTION1ALLL1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1ALLE304 - 396
4X-RAY DIFFRACTION1ALLX3 - 230
5X-RAY DIFFRACTION1ALLY1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION1ALLZ304 - 396
7X-RAY DIFFRACTION1ALLH301
8X-RAY DIFFRACTION1ALLY301
9X-RAY DIFFRACTION1ALLH401 - 611
10X-RAY DIFFRACTION1ALLX301 - 544
11X-RAY DIFFRACTION1ALLL301 - 573
12X-RAY DIFFRACTION1ALLE401 - 467
13X-RAY DIFFRACTION1ALLZ401 - 464
14X-RAY DIFFRACTION1ALLY401 - 629

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る