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- PDB-7dvr: Crystal structure of heme sensor protein PefR from Streptococcus ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dvr | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of heme sensor protein PefR from Streptococcus agalactiae in complex with heme | ||||||||||||
![]() | HTH marR-type domain-containing protein | ||||||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / heme-binding / helix-turn-helix | ||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||
Biological species | Streptococcus agalactiae serotype III | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Model details | heme sensor protein | ||||||||||||
![]() | Nishinaga, M. / Nagai, S. / Nishitani, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival. Authors: Nishinaga, M. / Sugimoto, H. / Nishitani, Y. / Nagai, S. / Nagatoishi, S. / Muraki, N. / Tosha, T. / Tsumoto, K. / Aono, S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 78.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 58 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 742 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 744 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17817.852 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: heme sensor protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NEM316 / Gene: gbs1402 / Plasmid: pET-22b / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-CO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 35%(v/v) MPD, 0.2 M KCl, 50 mM hexamine cobalt(III) chloride, 50 mM MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2017 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→29.13 Å / Num. obs: 18070 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 6.591 % / Biso Wilson estimate: 51.157 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 16.27 / Num. measured all: 119107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Fe / B iso: 12.836 / Fract x: 0.037 / Fract y: 0 / Fract z: 0.177 / Occupancy: 0.511 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm | FOM : 0.72 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.67 / Reflection: 3804 / Reflection acentric: 3336 / Reflection centric: 468 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.55 Å2 / Biso mean: 50.487 Å2 / Biso min: 33.13 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→29.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.704→1.748 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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