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- PDB-7doo: Crystal Structure of PenA beta-Lactamase-Avibactam Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7doo
タイトルCrystal Structure of PenA beta-Lactamase-Avibactam Complex
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Nukaga, M. / Papp-Wallace, K.M. / Bonomo, R.A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26460534 日本
引用
ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2017
タイトル: Overcoming an Extremely Drug Resistant (XDR) Pathogen: Avibactam Restores Susceptibility to Ceftazidime for Burkholderia cepacia Complex Isolates from Cystic Fibrosis Patients.
著者: Papp-Wallace, K.M. / Becka, S.A. / Zeiser, E.T. / Ohuchi, N. / Mojica, M.F. / Gatta, J.A. / Falleni, M. / Tosi, D. / Borghi, E. / Winkler, M.L. / Wilson, B.M. / LiPuma, J.J. / Nukaga, M. / Bonomo, R.A.
#1: ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Overcoming an Extremely Drug Resistant (XDR) Pathogen: Avibactam Restores Susceptibility to Ceftazidime for Burkholderia cepacia Complex Isolates from Cystic Fibrosis Patients.
著者: Papp-Wallace, K.M. / Becka, S.A. / Zeiser, E.T. / Ohuchi, N. / Mojica, M.F. / Gatta, J.A. / Falleni, M. / Tosi, D. / Borghi, E. / Winkler, M.L. / Wilson, B.M. / LiPuma, J.J. / Nukaga, M. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2020年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1596
ポリマ－88,3573
非ポリマー8023
水13,439746
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7202
ポリマ－29,4521
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7202
ポリマ－29,4521
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7202
ポリマ－29,4521
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.108, 69.425, 84.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-579-

HOH

21B-616-

HOH

31B-626-

HOH

41B-648-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29452.244 Da / 分子数: 3 / 断片: Beta-lactamase, UNP residues 28-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cleavable N-terminal GST tag
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans ATCC 17616 (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 遺伝子: ampC, BMULJ_04828 / プラスミド: PET48B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KN52, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG8000, 0.1M HEPES, 0.2M Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 89867 / Num. obs: 89867 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.23 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 4422 / Rsym value: 0.701 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3w4q

3w4q


解像度: 1.6→20 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 4512 5.02 %RANDOM
Rwork0.1637 ---
all0.1654 89812 --
obs0.1654 89812 97.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5777 0 51 746 6574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0818199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.012187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041071
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.6182 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 135 -
Rwork0.2273 2753 -
obs-2753 95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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