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- PDB-3ndg: Crystal Structure of BlaC-E166A covalently bound with Methicillin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndg
タイトルCrystal Structure of BlaC-E166A covalently bound with Methicillin
要素Beta-lactamase
キーワードHydrolase/Antibiotic / penicillin binding protein / beta-lactam covalent adduct / Hydrolase-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7EP / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: BlaC-E166A covalently bound with cephalosporins and penicillins
著者: Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7874
ポリマ－28,2151
非ポリマー5723
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.355, 67.908, 75.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 28214.689 Da / 分子数: 1 / 変異: E182A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-7EP / (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2,6-dimethoxyphenyl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / methicillin, bound form


分子量: 382.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N2O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 2 M NH4H2PO4, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C11
シンクロトロンNSLS X29A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2009
ADSC QUANTUM 2102CCD2009
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) Channel CutSINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si(111) Channel CutSINGLE WAVELENGTHx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 1.9→39.94 Å / Num. obs: 19843 / % possible obs: 95.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 15.323 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2796 / % possible all: 95.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DWZ

3dwz


解像度: 1.9→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.595 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1018 5.1 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.155 19808 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.09 Å2 / Biso mean: 17.13 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 36 215 2235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9842813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1535264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61523.10387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70615302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.51358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29422110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1793797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3644.5703
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 71 -
Rwork0.167 1348 -
all-1419 -
obs-2796 95.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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