PDB-6cyq: Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S beta-lactamase in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyq

タイトル

Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S beta-lactamase in complex with hydrolyzed cefotaxime

要素

Beta-lactamase

キーワード

hydrolase/antibiotic / Beta-lactamase CTX-M-14 / hydrolase-antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.698 Å

データ登録者

Patel, M.P. / Hu, L. / Sankaran, B. / Brown, C. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Synergistic effects of functionally distinct substitutions in beta-lactamase variants shed light on the evolution of bacterial drug resistance.
著者: Patel, M.P. / Hu, L. / Brown, C.A. / Sun, Z. / Adamski, C.J. / Stojanoski, V. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2018年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2021年6月30日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cyq.cif.gz	814.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cyq.ent.gz	680.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cykC 6cynC 6cyuC 1yltS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zfl-2 7doo-2 7doo-1 4k7a-d 3soi-1 3sh8-1 4xu1-1 4dds-1 4ebp-4 3w4q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

E: Beta-lactamase

F: Beta-lactamase

G: Beta-lactamase

H: Beta-lactamase

ヘテロ分子

227 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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5

E: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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6

F: Beta-lactamase

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7

G: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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8

H: Beta-lactamase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.375, 83.375, 232.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27943.494 Da / 分子数: 8 / 変異: N106S, D240G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_ ...遺伝子: blaCTX-M-14, beta-lactamase CTX-M-14, bla-CTX-M-14a, blaCTX-M-14a, blaCTX-M-14b, blaCTX-M-14c, blaCTX-M-27b, blatoho-3, blaUOE-2, CTX-M-14, AM333_26030, APT94_14605, BET08_34355, BJJ90_27545, BK334_27290, BMR21_24310, BMR35_25520, BMR49_25760, BXT93_06855, CA268_29135, CDL37_21060, CR538_26855, ETN48_p0088, pCT_085, pHK01_011 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9L5C7, UniProt: Q9L5C8*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CE4 / (2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / cefotaxime, hydrolyzed, C3'-cleaved, open, unbound form / (2R)-2-[(R)-(カルボキシ)[[(Z)-(2-アミノチアゾ-ル-4-イル)(メトキシイミノ)アセチル]アミノ(以下略) 分子量: 413.429 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₅O₆S₂ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.562 Å / Num. obs: 195777 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3071: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.698→34.472 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	9711	4.96 %
R_work	0.1701	-	-
obs	0.1715	195781	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.698→34.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15476	0	222	2068	17766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	16150
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	22000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.153	11627
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6981-1.7174	0.2551	375	0.2213	6096	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7174-1.7376	0.2511	324	0.211	6423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7376-1.7588	0.2337	326	0.2029	6195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7588-1.7811	0.2643	360	0.2088	6287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7811-1.8045	0.2261	318	0.2074	6223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8045-1.8292	0.241	342	0.1933	6330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8292-1.8554	0.2161	377	0.1855	6330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8554-1.8831	0.2219	318	0.1823	6280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8831-1.9125	0.2125	346	0.1835	6216	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9125-1.9438	0.2055	328	0.169	6356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9438-1.9773	0.1926	371	0.1704	6270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9773-2.0133	0.2123	340	0.1674	6221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0133-2.052	0.1774	311	0.1649	6367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.0939	0.2055	300	0.1573	6372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0939-2.1394	0.1778	316	0.1561	6272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1394-2.1892	0.1917	269	0.1502	6396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1892-2.2439	0.1923	352	0.154	6307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2439-2.3046	0.1941	308	0.1573	6308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3046-2.3724	0.1988	344	0.164	6269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3724-2.4489	0.1957	373	0.1627	6260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4489-2.5364	0.181	291	0.1555	6355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5364-2.6379	0.2133	343	0.1613	6158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6379-2.758	0.1849	323	0.1699	6341	X-RAY DIFFRACTION	99
2.758-2.9033	0.1934	294	0.1634	6318	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9033-3.0851	0.197	245	0.1654	6335	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0851-3.3231	0.1779	339	0.1704	6132	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3231-3.6572	0.1748	297	0.1566	6040	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6572-4.1856	0.191	287	0.1586	5838	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1856-5.2704	0.1856	284	0.1725	5322	X-RAY DIFFRACTION	85
5.2704-34.4794	0.2319	310	0.2143	5453	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8095	0.0379	-3.0165	1.3894	0.2303	3.3922	-0.0716	-0.1123	-0.2924	0.2758	-0.0093	-0.0951	0.447	0.1028	0.0604	0.1759	-0.0032	-0.0436	0.1155	0.0084	0.1034	37.841	79.7364	27.3181
2	1.607	0.6432	-0.8054	0.8128	-0.2104	1.3337	-0.0464	-0.0356	-0.2127	-0.0237	-0.0305	-0.1146	0.2014	0.1828	0.0616	0.1034	0.0243	-0.0141	0.1205	0.0068	0.1142	46.649	85.2088	12.4408
3	7.5234	-4.3857	-3.2808	7.5136	2.9392	4.4074	0.2369	0.5285	0.5833	-0.5081	-0.0803	-0.6622	-0.3	0.36	-0.1179	0.1752	-0.0528	0.0084	0.2007	0.0124	0.0949	55.0412	105.3719	0.767
4	3.332	-0.3129	0.9664	5.6057	-1.6061	3.6846	0.0093	-0.1915	0.299	0.1728	-0.0808	0.0084	-0.3363	-0.0015	0.0717	0.0939	-0.0337	-0.011	0.1158	-0.0229	0.1001	49.6895	107.9407	10.5107
5	1.6224	0.5004	-0.2466	0.8645	-0.3614	1.3559	0.0551	-0.119	-0.087	0.0442	-0.0315	-0.0604	0.0545	0.171	-0.0269	0.0605	0.0028	-0.0113	0.0951	-0.0051	0.0707	46.8571	91.0606	13.0146
6	5.5823	0.0354	0.1927	2.3998	0.4993	1.1788	-0.2267	-0.223	-0.0435	0.3763	0.1147	-0.4533	0.112	0.4805	0.1205	0.1433	0.0605	-0.0484	0.2621	0.0379	0.1445	49.4804	83.593	23.6814
7	9.6656	-3.6228	3.7623	3.9125	-1.1737	5.4981	-0.2151	-0.6869	0.156	0.3132	0.2194	0.0091	-0.1413	-0.0647	0.0271	0.0985	-0.0262	0.0342	0.1541	-0.0025	0.0516	37.4768	89.9303	28.0238
8	6.0667	-0.5378	-2.5461	1.0229	0.5617	2.9832	-0.1415	-0.2093	-0.3314	0.2887	-0.0237	-0.1111	0.3339	0.1266	0.16	0.151	0.0124	-0.0293	0.1238	0.0014	0.1076	58.7183	43.7369	27.4008
9	1.7074	0.7143	-0.5595	0.946	-0.2262	1.1949	-0.076	-0.0191	-0.2201	-0.0239	-0.0027	-0.1158	0.1846	0.21	0.0626	0.0934	0.0299	-0.0015	0.1112	-0.007	0.1047	67.4933	49.123	12.4524
10	8.5026	-5.9316	-3.3891	8.3895	2.7737	3.5889	0.1658	0.5876	0.4605	-0.4789	-0.0253	-0.5625	-0.3092	0.3502	-0.1332	0.1702	-0.0656	0.0223	0.223	0.0035	0.1145	75.4835	69.8662	1.0673
11	3.1867	-0.6211	0.8837	5.3547	-1.6314	3.3298	-0.0023	-0.1026	0.2671	0.1735	-0.0585	0.0552	-0.3421	0.0034	0.0348	0.0997	-0.0392	-0.0019	0.1104	-0.0344	0.1076	70.5317	71.8377	10.4516
12	0.9938	0.309	-0.311	3.6338	1.5187	2.1455	0.0441	0.0142	0.0339	0.0847	-0.0154	0.0362	0.0108	0.1419	-0.0203	0.0474	-0.0074	-0.0016	0.1113	-0.0014	0.0748	67.4177	59.8609	4.3726
13	1.5004	0.3085	-0.3364	0.9339	-0.1403	1.3497	0.03	-0.1594	-0.0314	0.0355	-0.0078	-0.0635	0.0669	0.1866	-0.0287	0.0603	0.0092	-0.0132	0.1039	-0.0016	0.0823	67.7876	53.6769	15.3377
14	6.49	0.1598	0.0813	2.0482	0.0865	0.7265	-0.0516	-0.2828	0.1857	0.2765	-0.0045	-0.5264	0.2043	0.3443	0.0545	0.1576	0.0642	-0.0443	0.2384	0.0141	0.1541	70.3319	47.5951	23.7347
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精密化 TLSグループ

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10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 87 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 128 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 129 through 155 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 156 through 251 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 252 through 266 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 267 through 289 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 27 through 50 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 51 through 86 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 87 through 115 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 116 through 251 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 252 through 289 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 27 through 50 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 51 through 68 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 69 through 86 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 87 through 101 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 102 through 155 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 156 through 179 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 180 through 194 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 195 through 229 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 230 through 266 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 267 through 289 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 27 through 50 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 51 through 86 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 87 through 128 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 129 through 251 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 252 through 266 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 267 through 289 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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