+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ebp | |||||||||
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Title | BlaC E166A Cefotaxime Acyl-Intermediate Complex | |||||||||
Components | Beta-lactamase | |||||||||
Keywords | Hydrolase/Antibiotic / Ambler Class A beta-lactamase / beta-lactamase / serine hydrolase / esterase / Hydrolase-Antibiotic complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | |||||||||
Function / homology | Function and homology information penicillinase activity / cephalosporinase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | |||||||||
Authors | Mire, J.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | |||||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Faropenem is Effective Against Mycobacterium tuberculosis in vitro and in vivo Authors: Mire, J.A. / Pai, P. / Siddiqi, N. / Russell, D.H. / Rubin, E.J. / Sacchettini, J.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ebp.cif.gz | 393.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ebp.ent.gz | 323.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ebp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4eblC 4ebnC 2gdnS 4ebi 4ebm 4ebo C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28214.689 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E166A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→50 Å / Num. all: 67577 / Num. obs: 67526 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2GDN Resolution: 2.29→45.317 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / σ(I): 2 / Phase error: 25.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.939 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→45.317 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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