PDB-7dbj: Crystal structure of human LDHB in complex with NADH, oxamate, an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dbj

タイトル

Crystal structure of human LDHB in complex with NADH, oxamate, and AXKO-0046

要素

L-lactate dehydrogenase B chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Lactate dehydrogenase (乳酸脱水素酵素) / Inhibitor /

Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase complex /

ピルビン酸 /

乳酸脱水素酵素 / lactate metabolic process /

L-lactate dehydrogenase activity / NAD metabolic process / pyruvate metabolic process /

kinase binding / NAD binding /

ミトコンドリア内膜 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.551 Å

データ登録者

Sogabe, S. / Miwa, M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Identification of the first highly selective inhibitor of human lactate dehydrogenase B.
著者: Shibata, S. / Sogabe, S. / Miwa, M. / Fujimoto, T. / Takakura, N. / Naotsuka, A. / Kitamura, S. / Kawamoto, T. / Soga, T.

履歴

登録	2020年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dbj.cif.gz	474 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dbj.ent.gz	377.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7dbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7dbj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dbkC 1i0zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4okn-2 9ldb-1 4ajn-d 4ajl-d 1ldm-1 5w8i-d 4ajj-d 6bb2-1 2ldx-d 5zjd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (13) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase B chain

B: L-lactate dehydrogenase B chain

C: L-lactate dehydrogenase B chain

D: L-lactate dehydrogenase B chain

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.389, 137.577, 84.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.264, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase B chain / LDH-B / LDH heart subunit / LDH-H / Renal carcinoma antigen NY-REN-46 分子量: 36548.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07195, 乳酸脱水素酵素

-
非ポリマー , 5種, 782分子

#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸 / Oxamic acid 分子量: 89.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃NO₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-H1U / N-[[3-[2-[(phenylmethyl)amino]ethyl]-1H-indol-2-yl]methyl]cycloheptanamine 分子量: 375.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₃N₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, potassium formate, HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 183405 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.989 / R_pim(I) all: 0.042 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 8628 / CC_1/2: 0.923 / R_pim(I) all: 0.149 / R_sym value: 0.251 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I0Z

1i0z

解像度: 1.551→43.496 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.83 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	9146	4.988 %
R_work	0.1697	174218	-
all	0.171	-	-
obs	-	183364	98.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.534 Å²	0 Å²	0.232 Å²
2-	-	0.049 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.551→43.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10244	0	284	765	11293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.017	10502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.635	14543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.6	1.591	24258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.418	5	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.144	24.636	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.576	10	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.901	15	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.508	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	9832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	5256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4726
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.642	1.8	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.64	1.8	5329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.806	2.699	6657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.806	2.699	6658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.969	1.949	5385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.969	1.95	5386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.247	2.885	7883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.247	2.886	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.065	22.22	11893
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.058	22.141	11861

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.551-1.591	0.233	632	0.204	11885	X-RAY DIFFRACTION	91.3183
1.591-1.635	0.236	619	0.188	12477	X-RAY DIFFRACTION	98.4292
1.635-1.682	0.217	638	0.185	12259	X-RAY DIFFRACTION	99.223
1.682-1.734	0.206	604	0.185	11854	X-RAY DIFFRACTION	99.3144
1.734-1.791	0.208	622	0.186	11521	X-RAY DIFFRACTION	99.3861
1.791-1.854	0.207	604	0.185	11177	X-RAY DIFFRACTION	99.4681
1.854-1.924	0.206	535	0.179	10784	X-RAY DIFFRACTION	99.6215
1.924-2.002	0.209	516	0.182	10422	X-RAY DIFFRACTION	99.8175
2.002-2.091	0.209	543	0.179	9949	X-RAY DIFFRACTION	99.7908
2.091-2.193	0.209	506	0.172	9567	X-RAY DIFFRACTION	99.7129
2.193-2.312	0.191	459	0.169	9054	X-RAY DIFFRACTION	99.8531
2.312-2.452	0.197	466	0.169	8602	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
2.452-2.621	0.19	417	0.167	8085	X-RAY DIFFRACTION	99.8473
2.621-2.831	0.195	412	0.174	7536	X-RAY DIFFRACTION	99.774
2.831-3.101	0.183	388	0.169	6875	X-RAY DIFFRACTION	99.945
3.101-3.466	0.201	343	0.171	6283	X-RAY DIFFRACTION	99.9095
3.466-4.001	0.188	297	0.164	5507	X-RAY DIFFRACTION	99.7765
4.001-4.897	0.161	262	0.143	4704	X-RAY DIFFRACTION	99.9195
4.897-6.913	0.182	182	0.165	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.8166
6.913-43.496	0.141	101	0.161	2051	X-RAY DIFFRACTION	99.262

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.8998 Å / Origin y: -0.0812 Å / Origin z: 6.9512 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0117 Å²	0.0045 Å²	0.0029 Å²	-	0.0064 Å²	0.004 Å²	-	-	0.003 Å²
L	0.3641 °²	0.0303 °²	-0.0195 °²	-	0.6172 °²	0.0165 °²	-	-	0.1492 °²
S	-0.0108 Å °	-0.0378 Å °	-0.0286 Å °	0.0628 Å °	0.0082 Å °	0.0003 Å °	0.0101 Å °	-0.0071 Å °	0.0026 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	2 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	2 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	2 - 334

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