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- PDB-2ldx: CHARACTERIZATION OF THE ANTIGENIC SITES ON THE REFINED 3-ANGSTROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ldx
タイトルCHARACTERIZATION OF THE ANTIGENIC SITES ON THE REFINED 3-ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF MOUSE TESTICULAR LACTATE DEHYDROGENASE C4
要素APO-LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(CHOH(D)-NAD(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate biosynthetic process from pyruvate / Pyruvate metabolism / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / ATP biosynthetic process / flagellated sperm motility / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / motile cilium / pyruvate metabolic process ...lactate biosynthetic process from pyruvate / Pyruvate metabolism / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / ATP biosynthetic process / flagellated sperm motility / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / motile cilium / pyruvate metabolic process / cilium / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-lactate dehydrogenase C chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Griffith, J.P. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: Characterization of the antigenic sites on the refined 3-A resolution structure of mouse testicular lactate dehydrogenase C4.
著者: Hogrefe, H.H. / Griffith, J.P. / Rossmann, M.G. / Goldberg, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: The Structure of Mouse Testicular Lactate Dehydrogenase Isoenzyme C4 at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Musick, W.D.L. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: A Low-Resolution Study of Testicular Lactate Dehydrogenase Using the Molecular Replacement Technique
著者: Musick, W.D.L. / Adams, A.D. / Rossmann, M.G. / Wheat, T.E. / Goldberg, E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: A Crystalline Form of Testes-Specific Lactate Dehydrogenase
著者: Adams, A.D. / Adams, M.J. / Rossmann, M.G.
履歴
登録1987年11月25日処理サイト: BNL
置き換え1989年4月19日ID: 1LDX
改定 1.01989年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_oper
Item: _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] ..._struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3]

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APO-LACTATE DEHYDROGENASE
B: APO-LACTATE DEHYDROGENASE
C: APO-LACTATE DEHYDROGENASE
D: APO-LACTATE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,4664
ポリマ－143,4664
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19540 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area46680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.800, 76.600, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)109.70, 89.50, 96.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 138 IS A CIS-PROLINE.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(0.97259642, 0.22474897, 0.0625019), (0.22298103, -0.97459452, 0.00706517), (0.06306138, 0.00718494, -0.99800189)
2given(-0.97260396, -0.22350424, -0.06666712), (-0.22198939, 0.81104902, 0.54020195), (-0.06638902, 0.54161952, -0.83844506)
3given(-0.99999245, -0.00124473, 0.00416522), (-0.00099165, -0.8364545, -0.54726712), (0.00332765, -0.54880445, 0.83644695)

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要素

#1: タンパク質
APO-LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 35866.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P00342, L-lactate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS ARE THOSE PRODUCED BY PROGRAM *DSSP* OF W. KABSCH AND C. SANDER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: microdialysis / 詳細: seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.02 MTris-HCl11
240 %satammonium sulfate12

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.96 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 0.66 % / Num. measured all: 20475 / Rmerge(I) obs: 0.254

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.96→10 Å / Rfactor obs: 0.256
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10060 0 0 31 10091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.51
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.2521.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.9351
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.5391.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1430.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2140.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2130.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2520.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor31.420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.96 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.256
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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