PDB-4okn: Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase, ternar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4okn

タイトル

Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase, ternary complex with NADH and oxalate

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / Rossmann Fold / NADH/NAD+ cofactor / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / homolactic fermentation / substantia nigra development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kolappan, S. / Craig, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of lactate dehydrogenase A (LDHA) in apo, ternary and inhibitor-bound forms.
著者: Kolappan, S. / Shen, D.L. / Mosi, R. / Sun, J. / McEachern, E.J. / Vocadlo, D.J. / Craig, L.

履歴

登録	2014年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4okn.cif.gz	1023.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4okn.ent.gz	860 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4okn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4okn_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4okn_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4okn_validation.xml.gz	103.2 KB	表示
CIF形式データ	4okn_validation.cif.gz	139.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/4okn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/4okn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ojnC 4qsmC 4qt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bb2-1 4ajl-d 4ajp-d 5zjd-2 6bb1-1 4aj1-d 5zjf-2 9ldb-1 4ajj-d 4aj2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (11)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (10)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

306 kDa, 8 ポリマー
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1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
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2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.550, 159.620, 266.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / L-lactate dehydrogenase M chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle ...L-lactate dehydrogenase M chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 37432.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase A chain / L-lactate dehydrogenase M chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle ...

分子量: 37432.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 800分子

#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION 分子量: 88.019 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-KAN / KANAMYCIN A 分子量: 484.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆N₄O₁₁ / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% w/v PEG3350, 50 mM HEPES, pH 6.8, Silver Bullets Bio Screen 1 reagent A1 (Hampton Research), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→34 Å / Num. all: 163776 / Num. obs: 163531 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / R_sym value: 0.89 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15	1	100
2.15-2.21	1	100
2.21-2.28	1	99.9
2.28-2.35	1	99.9
2.35-2.42	1	99.9
2.42-2.51	1	100
2.51-2.6	1	100
2.6-2.71	1	99.9
2.71-2.83	1	99.9
2.83-2.97	1	100
2.97-3.13	1	99.9
3.13-3.32	1	99.9
3.32-3.55	1	99.8
3.55-3.83	1	99.8
3.83-4.2	1	99.9
4.2-4.7	1	99.8
4.7-5.42	1	99.7
5.42-6.64	1	99.7
6.64-9.39	1	100
9.39-34	1	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 11.13 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24504	8172	5 %	RANDOM
R_work	0.2058	-	-	-
obs	0.20777	155268	99.86 %	-
all	-	163531	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20536	0	434	775	21745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	21344
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	21091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.995	28935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3	48629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.913	5	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.825	25.104	817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.859	15	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.247	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	23455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	594	-
R_work	0.276	11286	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5704	0.0053	-0.114	1.4258	0.0063	0.8957	-0.0146	0.103	-0.1241	-0.3569	0.0276	-0.1767	0.1462	0.0628	-0.013	0.257	-0.0046	0.0419	0.3827	-0.0185	0.2256	26.5983	-10.0745	-19.0918
2	0.5463	0.1389	0.2305	1.6778	0.4034	0.7735	-0.0463	0.1237	0.0549	-0.4029	0.0015	0.2338	-0.1914	-0.0578	0.0448	0.2166	0.0166	-0.0869	0.3804	0.0038	0.2458	10.1429	17.8118	-13.6886
3	0.6951	0.264	-0.0611	2.0441	0.2491	1.2099	-0.0071	-0.033	-0.0556	-0.0156	-0.0251	0.3425	0.1874	-0.2029	0.0322	0.0332	-0.0473	-0.024	0.3657	0.0003	0.259	6.2397	-13.0536	11.0677
4	0.666	0.2065	0.0769	2.0611	-0.1839	1.1016	0.0113	-0.0604	-0.0226	0.1035	0.0053	-0.2235	-0.1303	0.1122	-0.0165	0.0241	-0.0232	-0.0366	0.3311	0.007	0.1989	30.176	8.4149	15.7702
5	1.0682	-0.1074	-0.2266	1.7944	-0.1383	1.7145	-0.0189	0.0117	0.0286	0.0399	0.0382	-0.3674	0.2103	0.1875	-0.0193	0.0307	0.0355	0.0071	0.3879	-0.0225	0.253	63.7431	11.0481	-81.6433
6	0.9274	-0.2036	-0.0263	2.3563	0.5035	1.5278	0.0309	0.1251	0.1496	-0.2353	-0.0279	0.185	-0.2519	-0.1737	-0.003	0.0528	0.0396	-0.004	0.4201	0.0178	0.2498	39.085	32.0181	-84.2755
7	0.8366	0.1169	-0.1592	1.6585	0.0333	1.2014	-0.0769	-0.1006	-0.0801	0.3959	0.0467	0.1296	0.2174	-0.128	0.0302	0.2313	-0.0022	0.0559	0.4115	-0.0037	0.1833	39.9686	5.9656	-54.5249
8	0.6843	-0.0419	0.1399	1.6624	-0.4124	1.3047	-0.0465	-0.1727	0.2472	0.535	0.0308	-0.2525	-0.2738	0.0769	0.0157	0.2776	0.0152	-0.1049	0.4394	-0.0621	0.3216	54.6102	34.8364	-51.2957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 332
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 332
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 332
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 332

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関連情報:EMDBヘッダ

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