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- PDB-4qsm: Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qsm
タイトルCrystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase in complex with inhibitor 2, 3-{[7-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)-3-sulfamoylquinolin-4-yl]amino}benzoic acid
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase Inhibitor / Rossmann Fold / oxidoreductase-oxidoreductase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / substantia nigra development ...sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38K / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kolappan, S. / Craig, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2015
タイトル: Structures of lactate dehydrogenase A (LDHA) in apo, ternary and inhibitor-bound forms.
著者: Kolappan, S. / Shen, D.L. / Mosi, R. / Sun, J. / McEachern, E.J. / Vocadlo, D.J. / Craig, L.
履歴
登録2014年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
E: L-lactate dehydrogenase A chain
F: L-lactate dehydrogenase A chain
G: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,31116
ポリマ-299,4598
非ポリマー3,8528
1,08160
1
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6558
ポリマ-149,7294
非ポリマー1,9264
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21350 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area47170 Å2
手法PISA
2
E: L-lactate dehydrogenase A chain
F: L-lactate dehydrogenase A chain
G: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6558
ポリマ-149,7294
非ポリマー1,9264
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21130 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area47150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.310, 147.310, 334.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 37432.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-38K / 3-{[7-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)-3-sulfamoylquinolin-4-yl]amino}benzoic acid


分子量: 481.481 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C22H19N5O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 50 mM LiCl, PEG400 41 % w/v, 100 mM Bis-tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. all: 85010 / Num. obs: 84925 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3.03-3.087.51.022.24419199.9
3.08-3.147.50.8782.54400199.9
3.14-3.217.50.7932.84260199.9
3.21-3.277.50.6723.24204199.9
3.27-3.357.50.534.14125199.9
3.35-3.427.50.4514.84048199.9
3.42-3.517.50.3925.63922199.9
3.51-3.597.50.3346.53887199.9
3.59-3.697.50.2957.33778199.9
3.69-3.797.50.2458.73651199.9
3.79-3.917.50.211103605199.9
3.91-4.037.50.17611.83465199.8
4.03-4.177.40.15213.23376199.8
4.17-4.327.40.1216.33274199.8
4.32-4.497.40.09520.23139199.8
4.49-4.687.40.081233073199.8
4.68-4.97.40.077242875199.7
4.9-5.157.30.07424.22809199.7
5.15-5.447.20.07922.82678199.6
5.44-5.87.20.08820.12535199.6
5.8-6.237.10.07821.52370199.5
6.23-6.777.40.06425.62248199.4
6.77-7.487.40.05926.82072199.3
7.48-8.497.30.04136.71875199
8.49-10.047.20.03148.71678198.6
10.04-12.967.10.02459.41426197.9
12.96-22.456.90.024561135196.2
22.45-3560.02546.8598189.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→34.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 30.17 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4518 5.3 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.172 80339 99.88 %-
all-84925 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.878 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-1.38 Å20 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---4.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20566 0 272 60 20898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01921494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0221311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.98629149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.839349109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43952701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.6225.114833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.922153979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1421590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.23361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0223987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.024573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 308 -
Rwork0.261 5836 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5691-0.08770.01611.4098-0.0291.15860.0010.2525-0.2719-0.2235-0.0102-0.12560.1430.10440.00920.2481-0.07010.00590.2092-0.0950.090570.7292-23.3529-29.3494
22.05520.0121-0.12292.2754-0.15880.4561-0.01440.26110.1128-0.3079-0.02650.5213-0.098-0.22380.04090.2559-0.0528-0.0940.2189-0.03750.143145.0715-2.7991-22.985
31.12390.2762-0.43991.79280.16111.99890.0128-0.1518-0.06980.452-0.0392-0.10450.02080.10280.02640.3076-0.1176-0.08490.09920.04310.030169.784-12.55566.6343
42.05160.59220.35922.0974-0.70531.0192-0.0440.0860.23750.0443-0.0409-0.194-0.22040.04210.08480.2649-0.1019-0.03960.1450.02550.08478.19612.467-13.698
52.56080.2539-0.35221.5936-0.12711.4537-0.09370.69530.0176-0.56910.11380.3333-0.001-0.2157-0.02020.4907-0.0951-0.19610.46720.01710.092110.4238-53.0431-80.446
61.8010.5471-0.17482.71730.08651.0665-0.0217-0.1192-0.15920.088-0.03350.24120.0758-0.15220.05510.2531-0.0878-0.05590.2517-0.00580.074110.8947-69.558-51.2789
72.27860.1527-0.06281.33520.05131.02750.01490.16180.2418-0.18920.1027-0.1669-0.03550.151-0.11760.2435-0.04890.00410.1638-0.03760.072641.7088-46.5681-60.9376
81.91180.2635-0.21321.8377-0.02541.05670.0048-0.21910.62560.151-0.00910.2451-0.1855-0.19880.00430.27430.0059-0.0750.2597-0.10350.263514.7886-32.5634-46.4347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 332
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 333
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 332
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 332
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 332
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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