PDB-4qsm: Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qsm

タイトル

Crystal structure of human muscle L-lactate dehydrogenase in complex with inhibitor 2, 3-{[7-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)-3-sulfamoylquinolin-4-yl]amino}benzoic acid

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase Inhibitor / Rossmann Fold / oxidoreductase-oxidoreductase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / substantia nigra development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kolappan, S. / Craig, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of lactate dehydrogenase A (LDHA) in apo, ternary and inhibitor-bound forms.
著者: Kolappan, S. / Shen, D.L. / Mosi, R. / Sun, J. / McEachern, E.J. / Vocadlo, D.J. / Craig, L.

履歴

登録	2014年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qsm.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qsm.ent.gz	869.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qsm_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qsm_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4qsm_validation.xml.gz	97 KB	表示
CIF形式データ	4qsm_validation.cif.gz	124.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ojnC 4oknC 4qt0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5es3-1 5zjf-3 6p6u-2 4ojn-1 6p6u-3 4qt0-1 5w8j-d 1v6a-1 6p6u-4 6zzr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

303 kDa, 8 ポリマー
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1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.310, 147.310, 334.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 37432.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-38K / 3-{[7-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)-3-sulfamoylquinolin-4-yl]amino}benzoic acid 分子量: 481.481 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₉N₅O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 50 mM LiCl, PEG400 41 % w/v, 100 mM Bis-tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→35 Å / Num. all: 85010 / Num. obs: 84925 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
3.03-3.08	7.5	1.02	2.2	4419	1	99.9
3.08-3.14	7.5	0.878	2.5	4400	1	99.9
3.14-3.21	7.5	0.793	2.8	4260	1	99.9
3.21-3.27	7.5	0.672	3.2	4204	1	99.9
3.27-3.35	7.5	0.53	4.1	4125	1	99.9
3.35-3.42	7.5	0.451	4.8	4048	1	99.9
3.42-3.51	7.5	0.392	5.6	3922	1	99.9
3.51-3.59	7.5	0.334	6.5	3887	1	99.9
3.59-3.69	7.5	0.295	7.3	3778	1	99.9
3.69-3.79	7.5	0.245	8.7	3651	1	99.9
3.79-3.91	7.5	0.211	10	3605	1	99.9
3.91-4.03	7.5	0.176	11.8	3465	1	99.8
4.03-4.17	7.4	0.152	13.2	3376	1	99.8
4.17-4.32	7.4	0.12	16.3	3274	1	99.8
4.32-4.49	7.4	0.095	20.2	3139	1	99.8
4.49-4.68	7.4	0.081	23	3073	1	99.8
4.68-4.9	7.4	0.077	24	2875	1	99.7
4.9-5.15	7.3	0.074	24.2	2809	1	99.7
5.15-5.44	7.2	0.079	22.8	2678	1	99.6
5.44-5.8	7.2	0.088	20.1	2535	1	99.6
5.8-6.23	7.1	0.078	21.5	2370	1	99.5
6.23-6.77	7.4	0.064	25.6	2248	1	99.4
6.77-7.48	7.4	0.059	26.8	2072	1	99.3
7.48-8.49	7.3	0.041	36.7	1875	1	99
8.49-10.04	7.2	0.031	48.7	1678	1	98.6
10.04-12.96	7.1	0.024	59.4	1426	1	97.9
12.96-22.45	6.9	0.024	56	1135	1	96.2
22.45-35	6	0.025	46.8	598	1	89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→34.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 30.17 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	4518	5.3 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.172	80339	99.88 %	-
all	-	84925	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.878 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.38 Å²	-1.38 Å²	0 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→34.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20566	0	272	60	20898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	21494
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	21311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.986	29149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.839	3	49109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.439	5	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.62	25.114	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.922	15	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.142	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	3361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	23987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	308	-
R_work	0.261	5836	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5691	-0.0877	0.0161	1.4098	-0.029	1.1586	0.001	0.2525	-0.2719	-0.2235	-0.0102	-0.1256	0.143	0.1044	0.0092	0.2481	-0.0701	0.0059	0.2092	-0.095	0.0905	70.7292	-23.3529	-29.3494
2	2.0552	0.0121	-0.1229	2.2754	-0.1588	0.4561	-0.0144	0.2611	0.1128	-0.3079	-0.0265	0.5213	-0.098	-0.2238	0.0409	0.2559	-0.0528	-0.094	0.2189	-0.0375	0.1431	45.0715	-2.7991	-22.985
3	1.1239	0.2762	-0.4399	1.7928	0.1611	1.9989	0.0128	-0.1518	-0.0698	0.452	-0.0392	-0.1045	0.0208	0.1028	0.0264	0.3076	-0.1176	-0.0849	0.0992	0.0431	0.0301	69.784	-12.5556	6.6343
4	2.0516	0.5922	0.3592	2.0974	-0.7053	1.0192	-0.044	0.086	0.2375	0.0443	-0.0409	-0.194	-0.2204	0.0421	0.0848	0.2649	-0.1019	-0.0396	0.145	0.0255	0.084	78.196	12.467	-13.698
5	2.5608	0.2539	-0.3522	1.5936	-0.1271	1.4537	-0.0937	0.6953	0.0176	-0.5691	0.1138	0.3333	-0.001	-0.2157	-0.0202	0.4907	-0.0951	-0.1961	0.4672	0.0171	0.0921	10.4238	-53.0431	-80.446
6	1.801	0.5471	-0.1748	2.7173	0.0865	1.0665	-0.0217	-0.1192	-0.1592	0.088	-0.0335	0.2412	0.0758	-0.1522	0.0551	0.2531	-0.0878	-0.0559	0.2517	-0.0058	0.0741	10.8947	-69.558	-51.2789
7	2.2786	0.1527	-0.0628	1.3352	0.0513	1.0275	0.0149	0.1618	0.2418	-0.1892	0.1027	-0.1669	-0.0355	0.151	-0.1176	0.2435	-0.0489	0.0041	0.1638	-0.0376	0.0726	41.7088	-46.5681	-60.9376
8	1.9118	0.2635	-0.2132	1.8377	-0.0254	1.0567	0.0048	-0.2191	0.6256	0.151	-0.0091	0.2451	-0.1855	-0.1988	0.0043	0.2743	0.0059	-0.075	0.2597	-0.1035	0.2635	14.7886	-32.5634	-46.4347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 333
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 332
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 332
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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