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- PDB-5zjd: Lactate dehydrogenase with NADH and MLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjd
タイトルLactate dehydrogenase with NADH and MLA
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / LDHA / NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / substantia nigra development ...sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.394 Å
データ登録者Han, C.W. / Jang, S.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2015R1D1A1A01059594 韓国
引用ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2019
タイトル: Machilin A Inhibits Tumor Growth and Macrophage M2 Polarization Through the Reduction of Lactic Acid.
著者: Chung, T.-W. / Kim, E.-Y. / Han, C.W. / Park, S.Y. / Jeong, M.S. / Yoon, D. / Choi, H.-J. / Jin, L. / Park, M.-J. / Kwon, Y.J. / Lee, H. / Kim, K.-J. / Park, K.H. / Kim, S. / Jang, S.B. / Ha, K.-T.
履歴
登録2018年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
E: L-lactate dehydrogenase A chain
F: L-lactate dehydrogenase A chain
G: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,59924
ポリマ－299,4598
非ポリマー6,14016
水7,476415
1
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,79912
ポリマ－149,7294
非ポリマー3,0708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27340 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area41560 Å2
手法PISA
2
E: L-lactate dehydrogenase A chain
F: L-lactate dehydrogenase A chain
G: L-lactate dehydrogenase A chain
H: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,79912
ポリマ－149,7294
非ポリマー3,0708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27330 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area41690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.007, 265.691, 88.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 37432.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8% Tacsimate (pH 7.0), 20% polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.394→29.803 Å / Num. obs: 103853 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.394→2.4208 Å / Rmerge(I) obs: 0.309 / Num. unique obs: 1212123

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OKN

4okn


解像度: 2.394→29.803 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 5073 4.88 %
Rwork0.1869 --
obs0.1904 103852 91.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.394→29.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20544 0 408 415 21367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0528912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.33712776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3936-2.42080.31461390.25082488X-RAY DIFFRACTION69
2.4208-2.44930.31751540.24882975X-RAY DIFFRACTION84
2.4493-2.47920.31541740.24892977X-RAY DIFFRACTION83
2.4792-2.51050.31581500.24363020X-RAY DIFFRACTION83
2.5105-2.54350.2861630.24353087X-RAY DIFFRACTION87
2.5435-2.57840.36881590.24543119X-RAY DIFFRACTION86
2.5784-2.61520.34321930.25173097X-RAY DIFFRACTION86
2.6152-2.65420.30091460.23613168X-RAY DIFFRACTION89
2.6542-2.69560.29571680.23083194X-RAY DIFFRACTION88
2.6956-2.73980.3061530.233150X-RAY DIFFRACTION87
2.7398-2.7870.32781620.22823197X-RAY DIFFRACTION89
2.787-2.83770.34451520.23113195X-RAY DIFFRACTION87
2.8377-2.89220.31591720.22653158X-RAY DIFFRACTION89
2.8922-2.95120.34581570.21823197X-RAY DIFFRACTION88
2.9512-3.01530.29961550.21313156X-RAY DIFFRACTION89
3.0153-3.08540.28171600.21683250X-RAY DIFFRACTION89
3.0854-3.16240.34391460.21083242X-RAY DIFFRACTION90
3.1624-3.24780.25261780.20443353X-RAY DIFFRACTION92
3.2478-3.34330.27331670.20593343X-RAY DIFFRACTION94
3.3433-3.4510.2751550.20743546X-RAY DIFFRACTION97
3.451-3.57420.26671930.19623518X-RAY DIFFRACTION98
3.5742-3.7170.23651980.18213533X-RAY DIFFRACTION99
3.717-3.88590.26771950.1733598X-RAY DIFFRACTION100
3.8859-4.09030.24141910.1653579X-RAY DIFFRACTION100
4.0903-4.34580.20381880.14643634X-RAY DIFFRACTION100
4.3458-4.68020.18991700.13893599X-RAY DIFFRACTION99
4.6802-5.1490.22221700.14123593X-RAY DIFFRACTION100
5.149-5.8890.22182020.17073597X-RAY DIFFRACTION99
5.889-7.40070.22691880.16373601X-RAY DIFFRACTION100
7.4007-29.80570.17181750.13823615X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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