PDB-7dbk: Crystal structure of human LDHB in complex with NADH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dbk

タイトル

Crystal structure of human LDHB in complex with NADH

要素

L-lactate dehydrogenase B chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lactate dehydrogenase / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / NAD+ metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / kinase binding / NAD binding / mitochondrial inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Sogabe, S. / Miwa, M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Identification of the first highly selective inhibitor of human lactate dehydrogenase B.
著者: Shibata, S. / Sogabe, S. / Miwa, M. / Fujimoto, T. / Takakura, N. / Naotsuka, A. / Kitamura, S. / Kawamoto, T. / Soga, T.

履歴

登録	2020年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dbk.cif.gz	945.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dbk.ent.gz	773 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7dbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7dbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dbjC 1i0zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dbk-2 3h3f-2 4zvv-d 4qo8-d 5w8l-1 7m2n-d 3h3f-1 4qt0-1 4i9h-2 5nqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (12) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase B chain

B: L-lactate dehydrogenase B chain

C: L-lactate dehydrogenase B chain

D: L-lactate dehydrogenase B chain

E: L-lactate dehydrogenase B chain

F: L-lactate dehydrogenase B chain

G: L-lactate dehydrogenase B chain

H: L-lactate dehydrogenase B chain

ヘテロ分子

300 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase B chain

B: L-lactate dehydrogenase B chain

C: L-lactate dehydrogenase B chain

D: L-lactate dehydrogenase B chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate dehydrogenase B chain

F: L-lactate dehydrogenase B chain

G: L-lactate dehydrogenase B chain

H: L-lactate dehydrogenase B chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	232.477, 84.173, 156.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.760, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase B chain / LDH-B / LDH heart subunit / LDH-H / Renal carcinoma antigen NY-REN-46 分子量: 36548.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07195, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, ammonium acetate, HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 237609 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.042 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 11881 / CC_1/2: 0.736 / R_pim(I) all: 0.324 / R_sym value: 0.511 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1I0Z

1i0z

解像度: 1.802→49.993 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.666 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	11844	4.985 %
R_work	0.1702	225765	-
all	0.172	-	-
obs	-	237609	99.487 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.578 Å²	-0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.336 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→49.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20488	0	484	977	21949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	21310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	20900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.626	28918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.373	1.581	48284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.61	5	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.572	24.771	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.82	15	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.612	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	23616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	19568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	10255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	9639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.015	1.672	10648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.015	1.672	10647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.664	2.502	13296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.664	2.503	13297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.414	1.937	10662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.414	1.937	10663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.222	2.822	15622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.222	2.822	15623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.369	20.519	23209
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.367	20.506	23199

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.802-1.849	0.269	850	0.238	16434	X-RAY DIFFRACTION	98.1711
1.849-1.899	0.243	831	0.217	16278	X-RAY DIFFRACTION	99.9474
1.899-1.955	0.235	787	0.205	15899	X-RAY DIFFRACTION	99.9641
1.955-2.015	0.231	834	0.185	15368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.015-2.081	0.211	755	0.18	14920	X-RAY DIFFRACTION	99.9936
2.081-2.154	0.202	750	0.167	14448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.235	0.22	754	0.168	13946	X-RAY DIFFRACTION	99.9932
2.235-2.326	0.203	715	0.163	13371	X-RAY DIFFRACTION	99.9787
2.326-2.43	0.214	682	0.164	12887	X-RAY DIFFRACTION	99.9632
2.43-2.548	0.203	626	0.16	12332	X-RAY DIFFRACTION	99.9152
2.548-2.686	0.205	611	0.161	11740	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
2.686-2.849	0.211	594	0.168	11020	X-RAY DIFFRACTION	99.8281
2.849-3.045	0.224	552	0.166	10384	X-RAY DIFFRACTION	99.7446
3.045-3.289	0.203	491	0.162	9690	X-RAY DIFFRACTION	99.2203
3.289-3.603	0.191	501	0.161	8836	X-RAY DIFFRACTION	99.0453
3.603-4.028	0.186	440	0.161	7999	X-RAY DIFFRACTION	98.437
4.028-4.65	0.165	364	0.15	6926	X-RAY DIFFRACTION	96.4924
4.65-5.694	0.189	339	0.175	5916	X-RAY DIFFRACTION	97.7344
5.694-8.045	0.21	238	0.185	4727	X-RAY DIFFRACTION	99.3199
8.045-49.993	0.187	130	0.178	2644	X-RAY DIFFRACTION	97.6417

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.606	0.1372	-0.105	0.7358	0.0675	0.6407	-0.042	0.1031	-0.0018	-0.0882	0.0606	-0.0412	-0.0403	0.0031	-0.0186	0.0179	-0.0198	0.0019	0.0353	0.0048	0.0065	1.225	5.6682	37.0714
2	0.9208	-0.1342	-0.1015	0.5917	0.0956	0.6773	-0.0085	0.1399	-0.0185	-0.0789	0.0017	0.0026	0.0267	-0.0746	0.0067	0.0412	-0.0418	0.0227	0.0702	-0.0334	0.0288	56.6365	24.2986	30.8741

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 334
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	2 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	2 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	2 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	E	2 - 334
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	F	2 - 334
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	G	2 - 334
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	2 - 334

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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